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PDBの使い方 PDBファイルを入手する

Waalsは、PDBファイルを使用してタンパク質の立体構造を表示します。PDBファイルは、Protein Data Bankで管理されています。

Waalsをお使いの方のため、関連情報としてProtein Data Bankからファイルをダウンロードする方法や、PDBデータの検索の仕方など、PDBの使い方をご紹介しています。

Waalsユーザーの方は、Waalsの専門スタッフがサポートします。こちらまでご連絡下さい。

ユーザーサポート連絡先

waals@altif-labs.com

Waals Q&A

Waalsの操作方法に関してのQ&Aをまとめています。Q&A Indexへ

  1. 立体構造の表示に関して

  2. PDBファイルのダウンロードに関して

  3. お困りの時

  4. 基本操作に関して

  5. 解析・重ね合わせに関して

Waalsの製品についてのFAQはこちらをご覧下さい。

Waalsユーザーサポート連絡先

Waalsをお使いになって、お困りの事はありませんか。

 PDBファイルが開けない、思ったように表示されない。

 他の解析ソフトウェアで書き出したPDBファイルが表示されない。

 操作方法がわかりにくい。

 重ね合わせがうまくいかない。

 作図をしても、思うような図にならない。

Waalsの操作方法や、作図、解析結果について、お困りの事がありましたらユーザーサポートまでご連絡ください。Waalsの開発スタッフがお答え致します。

また、開けないPDBファイルは修正してお渡しします。

SWISS-MODELの使い方 

関連情報 

SWISS MODELでホモロジーモデリングを行う

SWISS-MODELWEBサイトでは、ホモロジーモデリングを行うことができます。その1つ、Automated Modeでのホモロジーモデリングでは、モデルを作成したいタンパク質のアミノ酸配列を入力して、構造モデルを構築、ダウンロードして使用することができます。

SWISS-MODEL Automated Modeでホモロジーモデリングを行うでは、Automated Modeでのホモロジーモデリングの使い方をご紹介しています。

本サイトのSWISS-MODEL Repository及びAutomated Modeでのモデリングについては、SWISS-MODELより許可を得て、リンク、ご紹介をしております。ご利用の際は、SWISS-MODELのサイトをご一読ください。

SWISS-MODELでは、SWISS-MODELのホモロジーモデリング手法により、立体構造モデルを生成し、公開しています。

SWISS-MODEL Repositoryで構造モデルをダウンロードするでは、SWISS-MODEL Repositoryの使い方についてご紹介しています。

SWISS-MODELを使用して変異体の構造モデルを作成し、Waalsを使用して変異による立体構造への影響について解析した例を 分子病態解析での使用例でご紹介しています。ご参照ください。

SWISS-MODEL Repositoryからモデルの立体構造をダウンロードする

Waalsユーザーの方には、Waalsの専門スタッフがお答えします。

ご質問がありましたら、 ユーザーサポート までご連絡下さい。

AlphaFold DBから構造モデルをダウンロードする

AlphaFold Protein Structure Databaseでは、AlphaFoldにより予測された立体構造モデルを公開しています。


AlphaFold Protein Structure Databaseから構造モデルをダウンロードする でご紹介しています。