様々な条件でPDBファイルを検索する

UniProt経由でPDBファイルをダウンロードする

AlphaFold Protein Structure Database（AlphaFold DB）では、AlphaFoldにより予測された立体構造モデルを公開しています。現在、2億件ものデータが登録されています。 詳細は、 AlphaFold DB をご覧下さい。また、お使いになる際には、以下のリファレンスを引用して下さい。

Jumper, J et al. Highly accurate protein structure prediction with AlphaFold. Nature (2021).

Varadi, M et al. AlphaFold Protein Structure Database: massively expanding the structural coverage of protein-sequence space with high-accuracy models. Nucleic Acids Research (2022).

AlphaFold DB のページhttps://alphafold.ebi.ac.uk　

を開きます。

赤い線で囲まれた部分に、対象タンパク質のUniProtのAccession CodeやEntry Nameを入力します。

ここでは、ヒトIntestinal-type alkaline phosphataseを

検索するためAccession Code「P09923」を入力します。

Searchをクリックして検索します。

AlphaFold Protein Structure Database（AlphaFold DB）では、AlphaFoldにより予測された立体構造モデルを公開しています。

ここでは、 AlphaFold DBからのダウンロードの手順についてご紹介します。

入力したタンパク質の立体構造モデルがある場合は、検索結果が表示されます。

検索結果を確認してクリックします。

1. (1)　Informationでは、タンパク質名やGene名等が示されます。
   

2. (2)　3D viewerでは、アミノ酸配列と立体構造モデルが表示されます。
   

3. (3)   表示された立体構造は、Model Confidenceで示される各アミノ酸残基の信頼度（pLDDT）により色分けされています。
   

4. (4)　PDB Fileをクリックして立体構造モデルのPDBファイルをダウンロードします。

SWISS-MODELの使い方

SWISS-MODEL Repositoryでモデル構造をダウンロードする

Automated Modeでホモロジーモデリングを行う

AlphaFold DBから立体構造モデルをダウンロードする