ダウンロードしたいPDBデータのサマリーページを開きます。

ここでは、NaK channelの3E83を例に紹介します。3E83のサマリーページを開きます。

「Download Files」をクリックするとファイルの種類が表示されます。

Biological Assembly 1 (PDB - gz)あるいは、 Biological Assembly 2 (PDB - gz) を選択してそれぞれのデータをダウンロードします。

PDB Formatを選択するとAsymmetric UnitのPDBファイルがダウンロードされます。

ここでは、 Biological Assembly 1 をダウンロードします。

ダウンロードされたファイルは「3e83.pdb1」というファイル名になります。

3E83 (NaK Channel)のAsymmetric UnitとBiological Assembly。元のデータはAsymmetric UnitでChain A, Bの２本が登録されている。

Biological Assembly 1はChain Aを、 Biological Assembly 2はChain Bを使用して計算されたデータ。

Biological Assemblyのデータは、赤で囲った部分に表示されます。

上部の矢印をクリックして、Asymmetric Unitの構造とBiological Assemblyの構造が切替えられます。

Protein Data Bank (PDB)には、元のデータのAsymmetric Unitと異なるBiological Assemblyのデータが登録されている場合があります。 データによって、 生体内での単量体や多量体の状態のデータをダウンロードすることができます。

Biological Assemblyでダウンロードしたファイルの拡張子は、pdbの後にBiological Assemblyの番号が付けられ、「PDB ID.pdb1」や「PDB ID.pdb2」のようになっています。PDBファイルとして認識させるためには、拡張子をpdbに変更します。

実際にダウンロードしたBiological AssemblyのファイルをWaalsで表示します。元のPDBファイル (3e83.pdb)は、Asymmetric Unit（左）でしたが、Biological Assembly 1 (3e83_1.pdb)では、 3e83.pdbのchain A (light red)を基に４量体が作られています（中央）。

４量体の様子をムービーでご確認ください（右）。

3e83.pdb : Asymmetric Unit

3e83_1.pdb : Biological Assembly 1

Biological Assemblyでダウンロードしたファイルは、ファイルの内部のPDB IDがXXXXになっています。ライブラリ機能で内部のPDB IDを修正することができます。また、二次構造情報がなくなっている場合は、ライブラリ機能で二次構造のアサインを行います。

チュートリアル「二次構造をアサインする」▶

NaK Channel（４量体）の構造

様々な条件でPDBファイルを検索する

リガンドの名前でPDBファイルを検索する

SWISS-MODELの使い方

SWISS-MODEL Repositoryでモデル構造をダウンロードする

Automated Modeでホモロジーモデリングを行う

AlphaFold DBから立体構造モデルをダウンロードする