PDBの全てのデータには固有のPDB IDがつけられています。PDB IDは英数４文字からなっています。PDB IDが分かれば、目的の立体構造を検索できます。PDBデータを引用した論文には、使用したPDBデータのPDB IDが記載されています。

Protein Data Bank (PDB)には、実験による立体構造 (Experimentally-determined 3D structures) が約21万件、計算によるモデル構造 (Computed Structure Models, CSM) が約106万件登録されています（2024年5月現在）。ここでは、RCSB(USA) PDBのサイトをご紹介します。

それぞれのPDBデータのサマリーページには、著者、文献、分子（タンパク質名）、生物種、リガンドの化合物など、そのPDBファイルに登録されている分子の情報が記載されています。このページから、各種フォーマットのファイルをダウンロードしたり、立体構造を表示することができます。

Waalsで使用するタンパク質の立体構造データは、Protein Data Bank (PDB)ファイルフォーマットです。

右は、PDBファイルの一部です。アミノ酸残基を構成する各原子のX, Y, Z座標が記載されています。

Structureをクリックすると立体構造を表示できます。

クリックしてダウンロードします。

原子

左からX, Y, Z座標

例えば、左の図の一行目は、

チェインAの１０番目のAspの窒素の原子の座標が

（35.563, 22.330, -0.508)である

という記載です。

様々な条件でPDBファイルを検索する

UniProt経由でPDBファイルをダウンロードする

SWISS-MODELの使い方

SWISS-MODEL Repositoryでモデル構造をダウンロードする

Automated Modeでホモロジーモデリングを行う

Advanced Searchでは、テキスト検索に加え、分子名、各種のID、アミノ酸配列の一致度、複合体の状態、モチーフ、化合物等を複数指定して検索できます。

テキスト入力で、分子名、ID（PDB, UniProt, AlphaFold ID)、著者名、アミノ酸配列等を検索できます。

計算によるモデル構造を含む場合は、トグルをONにします。

AlphaFold DBから立体構造モデルをダウンロードする