RCSB(USA) PDBのサイトのトップページ

http://www.rcsb.org/pdb　にアクセスします。

右図のサイトが表示されます。赤で示した部分に検索用の入力欄があります。

「Download Files」をクリックするとファイルの種類が表示されます。必要に応じて様々なフォーマットから選択してダウンロードすることができます。

PDB File (Text)を選択するとテキスト形式のPDBファイルがダウンロードされます。

ここでは、PDB IDが1AKEなので、ダウンロードしたファイル名は1AKE.pdbになります。

PDBの全てのデータには固有のPDB IDがつけられ、論文にはPDB IDが記載されることになっています。PDB IDが分かっている場合は、PDB IDを入力すればすぐに目的の立体構造を検索できます。ここでは、PDB IDが1AKEのadenylate kinaseを検索します。

入力欄に「1AKE」と入力し、虫めがねアイコンをクリックします。

Protein Data Bank (PDB)には、現在９万件を超える立体構造データが登録されています。ここでは、RCSB(USA) PDBのサイトからPDBファイルをダウンロードする方法をご紹介します。

多量体のデータは、Biological Assemblyからダウンロードします。

ダウンロードしたファイルが表示されているイメージと異なる場合は、

Biological Assemblyのデータをご確認下さい。

PDBサマリーページが開かれます。 PDBサマリーページには、著者、文献、分子（タンパク質名）、生物種、リガンドの化合物など、そのPDBファイルに登録されている分子の情報が記載されています。ダウンロードの前に、目的のファイルかどうかを確認できます。

ダウンロードしたPDBファイル1AKE.pdbをWaalsアイコンにドラッグします。

初期表示の設定で、PDBファイルの立体構造が表示されます。

PDBでは、キーワードやアミノ酸配列の類似性を利用した検索も可能です。

タンパク質名などの分子の情報を確認できます。

様々な条件でPDBファイルを検索する

リガンドの名前でPDBファイルを検索する

SWISS-MODELの使い方

SWISS-MODEL Repositoryでモデル構造をダウンロードする

Automated Modeでホモロジーモデリングを行う