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PDBファイルをダウンロードする

ダウンロードしたPDBファイルをWaalsで開くには

RCSB(USA) PDBのサイトのトップページhttps://www.rcsb.org　にアクセスします。

赤で示したTop Barとよばれる部分に検索用の入力欄があります。

1. PDBトップページにアクセス

「Download Files」をクリックするとファイルの種類が表示されます。必要に応じて様々なフォーマットから選択してダウンロードすることができます。

PDB Formatを選択するとテキスト形式のPDBファイルがダウンロードされます。

ここでは、PDB IDが1AKEなので、ダウンロードしたファイル名は1AKE.pdbになります。

PDBの全てのデータには固有のPDB IDがつけられ、論文にはPDB IDが記載されることになっています。PDB IDが分かっている場合は、PDB IDを入力すればすぐに目的の立体構造を検索できます。ここでは、PDB IDが1AKEのadenylate kinaseを検索します。Top Barに「1AKE」と入力します。

3. PDB サマリーページで内容を確認

2. PDB IDで検索

Protein Data Bank (PDB)には、実験による立体構造 (Experimentally-determined 3D structures) が約21万件、計算によるモデル構造 (Computed Structure Models, CSM) が約106万件登録されています（2024年5月現在）。ここでは、RCSB(USA) PDBのサイトからPDBファイルをダウンロードする方法をご紹介します。

多量体のデータがBiological Assemblyで提供されている場合があります。

Biological Assemblyのデータをご確認下さい。

PDBサマリーページが開かれます。 PDBサマリーページには、著者、文献、分子（タンパク質名）、生物種、リガンドの化合物など、そのPDBファイルに登録されている分子の情報が記載されています。ダウンロードの前に、目的のファイルかどうかを確認できます。

4.　Download Filesからダウンロード

ダウンロードしたPDBファイル1AKE.pdbをWaalsアイコンにドラッグします。

初期表示の設定で、PDBファイルの立体構造が表示されます。

PDBでは、キーワードやアミノ酸配列の類似性を利用した検索も可能です。