5.　ラベルを貼って、見せたい向きや大きさに

ラベルを貼るには、ツールアイコンのラベルツールを使います。表示したラベルは好きな位置に移動させることができます。ラベルのフォントや大きさ、色も変更できます。

3.　基本の表示スタイルを選ぶ

基本の表示を変更するには、Style & Color Panelを使います。パネルからスタイルや色を選んで、表示形式を設定できます。

図を作成する基本の流れ

2.　見たい向きから、見たい大きさで

Structure Viewには、回転、拡大縮小などの「ツールアイコン」が用意されています。マウスで立体構造を回転させて好きな向きから見たり、拡大縮小することができます。

1.　PDBファイルを開く

Waalsで、立体構造を表示し、図を作る基本の手順を動画で紹介します。

ここでは、H-rasの全体構造をリボンで表示し、変異が見られる３つのアミノ酸残基をStickで示します。また、Switch領域のリボンの色を変えて示します。

4.　強調したい部分にスタイルを設定する

特定のアミノ酸残基だけ表示スタイルを変更するには、設定したいアミノ酸残基を選択して、メニューからスタイルや色を設定します。アミノ酸残基は、アミノ酸配列上で残基番号や配列を見ながら選択できます。

6.　コピー＆ペーストで図を貼り込む

作成した図やアミノ酸配列の表示は、コピー＆ペーストで他の書類に貼り込むことができます。Structure Viewのイメージは PNG, Tiff, PDF, PICT, JPEGのイメージファイルとして書き出すこともできます。

7. Waals書類でそのまま保存

図ができたら、Waals書類として保存しておくと便利です。その後、向きや大きさ、色を変更する場合には、この状態から始めることができます。

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チュートリアル

  1. PDBファイルを開く

  1. PDBデータの内容を確認する

  1. 球ピックで距離で選択する

  1. Workspaceに指定する

  1. 部分的に色をつける

  1. チェイン単位で表示を設定する

  1. 特定の残基に表示形式を設定する

  1. 原子間の距離を測定する

  1. 大きさを揃える

  1. 数値を指定して向きを変える

  1. Bファクターで色分け表示する

  1. 表示の初期設定を変更する

  1. 背景色と初期設定を変更する

  1. 背景色を透明にする

  1. サイト情報を表示する

  1. 削除してPDBファイルに保存

  1. オートローテーションで見る

  1. 新しいページに読み込む

  1. 作成した図を複製して図を作る

PDBファイルを入手する

Q & A

Waalsの特長

解析事例

  1. 作図する基本の流れ

Waalsの特長

表示・解析例

PDBファイルを入手する

Q & A

チュートリアル

  1. PDBファイルを開く

  2. PDBデータの内容を確認する

  3. 球ピックツールを使用して距離で選択する

  4. Workspaceに指定する

  5. 部分的に色をつける

  6. チェイン単位で表示形式を設定する

  7. 特定の残基に表示形式を設定する

  1. 二原子間の距離を測定する

  2. 大きさを揃える

  3. 数値を指定して向きを変更する

  4. Bファクターで色分け表示にする

  5. 表示の初期設定を変更する

  6. 背景色と初期設定の変更

  7. 背景色を透明にする

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  1. PDBファイルのサイト情報を表示する

  2. 削除してPDBファイルに保存する

  3. オートローテーションで見る

  4. 新しいページに読み込む

  5. 作成した図を複製して図を作る

  6. 作図の基本の流れ

  7. 二次構造をアサインする

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  1. 二次構造をアサインする

DNA/RNAの表示の変更や、表面形状の色の変更も。　▶