5. ラベルを貼って、見せたい向きや大きさに

ページを複製してもう一枚、着目する残基近傍を見せるための図を作ります。結合の様子が見えるように、向きや大きさを変更します。ツールアイコンを使って、見せたい向きに回転させ、拡大しましょう。次に、Thr25Thr62にラベルを貼ります。ラベルを貼るには、ツールアイコンのラベルツールを使います。Structure Viewでクリックすれば、ラベルが表示されます。表示したラベルは好きな位置に移動させることができます。ラベルのフォントや大きさ、色も変更できます。これで、図が完成しました。

3. 基本の表示スタイルを選ぶ

基本の表示を変更するには、Style & Color Panelを使います。パネルからスタイルや色を選んで、表示形式を設定できます。ここでは、CartoonsRibbonで色はPinkに、CompoundsStickにします。

Style & Color Panel

図を作成する基本の流れ

2. 見たい向きから、見たい大きさで

Structure Viewには、回転、拡大縮小などの「ツールアイコン」が用意されています。マウスで立体構造を回転させて好きな向きから見たり、拡大縮小することができます。見たい向きから、見たい大きさで、動かしながら表示してみて下さい。

1. PDBファイルを開く

メニューのFile > Openを選択するか、WaalsアイコンにドラッグしてPDBファイルを開きます。

左のStructure Viewに立体構造が、右のContents Info Viewにアミノ酸配列が表示されます。

Waalsで、PDBファイルを開いて、立体構造を表示し、図を作る基本の手順を紹介致します。

ここでは、例としてPDBファイル1EFTを使用して、Elongation Factor TuGDP結合に関与するアミノ酸残基を示す図(左)を作成します。作成した図は、プレゼンテーションソフトなどに貼り込んでスライドに使用できます。

4. 強調したい部分にスタイルを設定する

基本の表示スタイルが決まったら、着目するアミノ酸残基に別のスタイルや色を設定してみましょう。

特定のアミノ酸残基だけ表示スタイルを変更するには、設定したいアミノ酸残基を選択して、メニューからスタイルや色を設定します。アミノ酸残基は、Contents Info Viewのアミノ酸配列上で残基番号や配列を見ながら選択できます。

ここでは、リン酸結合のGlyリッチモチーフに相当するアミノ酸残基Gly18-Thr25のリボン表示をLight Blueに、Mg結合に関与するThr25Thr62Ball & Stick、色をAtom Color With Carbon > Greenに設定します。Mgは、Space-fillingにします。


立体構造の色を変更すると、Contents Info Viewのアミノ酸残基も同じ色に変更されます。立体構造の色の状態が配列上でも確認できます。

Cylinder & Strand

Stick

Space-filling

Ribbon

6. コピー&ペーストで図を貼り込む

作成した図でプレゼンテーション用のスライドを作ってみましょう。

Waalsでは、Structure ViewのイメージやContents Viewのアミノ酸配列の表示をコピー&ペーストで他の書類に貼り込むことができます。Structure Viewのイメージは PNG, Tiff, PDF, PICT, JPEGのイメージファイルとして書き出すこともできます。

  1. 7.Waals書類でそのまま保存

図ができたら、Waals書類として保存しておくと便利です。その後、向きや大きさ、色を変更する場合には、この状態から始めることができます。

Waals書類アイコン

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チュートリアル

回転ツール

拡大縮小ツール

Structure Viewのツールアイコン

ラベルツール