一つのPDBファイル内に複数のチェインが登録されている場合、使用しない構造を削除してPDBフォーマットファイルに保存することができます。使いたい構造だけを、見たい向きのままで保存できるので、必要な構造だけを繰り返し使用する場合に便利です。

構造を削除してPDBフォーマットで保存するには

1. 1.Contents Info ViewあるいはStructure Viewから削除したい構造を選択します。
   

2. 2.メニューのEdit > Deleteを選択します。
   

3. 3.選択した構造が削除されます。 
   

4. 4.Structure Viewで回転させて、保存したい向きで表示します。
   

5. 5.メニューのFile > Save As PDB Format... を選択し、ファイル名を入力して保存します。
   

6. 6.表示された構造だけが、表示された向きでPDBフォーマットで保存されます。回転中心は保存した構造の重心に設定されます。

Trasducin alpha (1TAD) の例

Asymmetric unitとして記載されている３つのチェイン(Chain A, B, C)のうち、Chain B, Cを削除し、Chain Aの向きを変えたもの。

1. 二原子間の距離を測定する
   

2. 大きさを揃える
   

3. 数値を指定して向きを変更する
   

4. Bファクターで色分け表示にする
   

5. 表示の初期設定を変更する
   

6. 背景色と初期設定の変更
   

7. 背景色を透明にする

1. PDBファイルのサイト情報を表示する
   

2. 削除してPDBファイルに保存する
   

3. オートローテーションで見る
   

4. 新しいページに読み込む
   

5. 作成した図を複製して図を作る
   

6. 作図の基本の流れ
   

7. 二次構造をアサインする