チュートリアル

数値を指定して向きを変える

FrontとSide、TopとSideのように、同じ表示で９０度向きを変えた図を作成する場合は、Rotateを使って数値を指定して向きを変更します。

Rotateでは、方向と角度を指定して回転することができます。

  1. PDBファイルを開く

  1. PDBデータの内容を確認する

  1. 球ピックで距離で選択する

  1. Workspaceに指定する

  1. 部分的に色をつける

  1. チェイン単位で表示を設定する

  1. 特定の残基に表示形式を設定する

  1. 原子間の距離を測定する

  1. 大きさを揃える

  1. 数値を指定して向きを変える

  1. Bファクターで色分け表示する

  1. 表示の初期設定を変更する

  1. 背景色と初期設定を変更する

  1. 背景色を透明にする

  1. サイト情報を表示する

  1. 削除してPDBファイルに保存

  1. オートローテーションで見る

  1. 新しいページに読み込む

  1. 作成した図を複製して図を作る

Lactose permease (1PV7) の表示例。

右は左の図を手前に90度回転させ、上部から見た図。

数値を指定して図を回転するするには

  1. 1.メニューのView > Rotate...を選択し、Rotateダイアログを開きます（図１）。

  2. 2.　回転させるX, Y, Z軸の角度を数値で入力し、Applyをクリックします。

  3. 3.　各軸の角度に基づいて回転した構造が表示されます。

Lactose permease (1PV7) を使ってRotateで回転させた表示例

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図１　Rotateダイアログ

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Q & A

Waalsの特長

解析事例

  1. 作図する基本の流れ

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表示・解析例

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チュートリアル

  1. PDBファイルを開く

  2. PDBデータの内容を確認する

  3. 球ピックツールを使用して距離で選択する

  4. Workspaceに指定する

  5. 部分的に色をつける

  6. チェイン単位で表示形式を設定する

  7. 特定の残基に表示形式を設定する

  1. 二原子間の距離を測定する

  2. 大きさを揃える

  3. 数値を指定して向きを変更する

  4. Bファクターで色分け表示にする

  5. 表示の初期設定を変更する

  6. 背景色と初期設定の変更

  7. 背景色を透明にする

  1. PDBファイルのサイト情報を表示する

  2. 削除してPDBファイルに保存する

  3. オートローテーションで見る

  4. 新しいページに読み込む

  5. 作成した図を複製して図を作る

  6. 作図の基本の流れ

  7. 二次構造をアサインする

FrontからSideにする場合は、

　X-axis : 0

　Y-axis : 90　または　-90

　Z-axis : 0

　を入力します。


FrontからTopにする場合は、

　X-axis : 90

　Y-axis : 0

　Z-axis : 0

　を入力します。


FrontからBottomにする場合は、

　X-axis : -90

　Y-axis : 0

　Z-axis : 0

　を入力します。

  1. 二次構造をアサインする