チュートリアル

二次構造をアサインする

二次構造をアサインするには

  1. 1.メニューのLibrary > Assign Secondary Structure...を選択します。

  2. 2.ファイル名を選択して、 Assignをクリックします。

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立体構造に二次構造をアサインします。二次構造はDSSPに基づいて判定します。PDBファイルに二次構造情報が記載されていない場合や、DSSPの判定でアサインし直したい場合に便利です。立体構造座標をPDBフォーマットに保存する時には、二次構造情報も保存されます。

ヒント SWISS-MODEL等、他のサーバやソフトウェアで作成されたPDBファイルには、二次構造の記載がないものがあります。二次構造情報がない場合は、リボン表示をした時に、全体がチューブ表示になります(右上)。そのような場合は、二次構造のアサインを行って下さい。WaalsPDBフォーマットに書き出せば、二次構造情報も保存されます。

Libraryメニュー

二次構造情報がない場合は、リボン等のCartoon表示ができません(上)。二次構造のアサインを行うとリボンやシリンダー、ストランドが表示されます(下)。