チュートリアル

二次構造をアサインする

  1. PDBファイルを開く

  1. PDBデータの内容を確認する

  1. 球ピックで距離で選択する

  1. Workspaceに指定する

  1. 部分的に色をつける

  1. チェイン単位で表示を設定する

  1. 特定の残基に表示形式を設定する

  1. 原子間の距離を測定する

  1. 大きさを揃える

  1. 数値を指定して向きを変える

  1. Bファクターで色分け表示する

  1. 表示の初期設定を変更する

  1. 背景色と初期設定を変更する

  1. 背景色を透明にする

  1. サイト情報を表示する

  1. 削除してPDBファイルに保存

  1. オートローテーションで見る

  1. 新しいページに読み込む

  1. 作成した図を複製して図を作る

二次構造をアサインするには

  1. 1.メニューのLibrary > Assign Secondary Structure...を選択します。

  2. 2.ファイル名を選択して、 Assignをクリックします。

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Q & A

Waalsの特長

解析事例

  1. 作図する基本の流れ

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チュートリアル

  1. PDBファイルを開く

  2. PDBデータの内容を確認する

  3. 球ピックツールを使用して距離で選択する

  4. Workspaceに指定する

  5. 部分的に色をつける

  6. チェイン単位で表示形式を設定する

  7. 特定の残基に表示形式を設定する

  1. 二原子間の距離を測定する

  2. 大きさを揃える

  3. 数値を指定して向きを変更する

  4. Bファクターで色分け表示にする

  5. 表示の初期設定を変更する

  6. 背景色と初期設定の変更

  7. 背景色を透明にする

  1. PDBファイルのサイト情報を表示する

  2. 削除してPDBファイルに保存する

  3. オートローテーションで見る

  4. 新しいページに読み込む

  5. 作成した図を複製して図を作る

  6. 作図の基本の流れ

  7. 二次構造をアサインする

立体構造に二次構造をアサインします。二次構造はDSSPに基づいて判定します。PDBファイルに二次構造情報が記載されていない場合や、DSSPの判定でアサインし直したい場合に便利です。立体構造座標をPDBフォーマットに保存する時には、二次構造情報も保存されます。

ヒント　SWISS-MODEL等、他のサーバやソフトウェアで作成されたPDBファイルには、二次構造の記載がないものがあります。二次構造情報がない場合は、リボン表示をした時に、全体がチューブ表示になります（右上）。そのような場合は、二次構造のアサインを行って下さい。WaalsでPDBフォーマットに書き出せば、二次構造情報も保存されます。

Libraryメニュー

二次構造情報がない場合は、リボン等のCartoon表示ができません（上）。二次構造のアサインを行うとリボンやシリンダー、ストランドが表示されます（下）。

  1. 二次構造をアサインする

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