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チュートリアル

PDBデータの内容を確認する

Contents Info ViewPDBデータの内容を確認する

PDBファイルを開くと、左側のStructure Viewには立体構造が、右側のContents Info ViewにはPDBの内容が表示されます。Structure Viewに表示されているPDB ID、登録されているチェインのChain IDや残基数、阻害剤や基質アナログ等の結合物(Compound)や水分子が表示されます。さらに詳細表示エリアには、アミノ酸配列や結合している化合物の内容が表示されます。PDBデータにChainが何本あるのか、単量体か多量体か、結合物はあるのか、それは何かなどを確認することができます。

Chainとアミノ酸配列を確認する

IDリストにはPDB IDが、ContentsリストにはChain名とその残基数が表示されます。PDBデータにUni-Prot(Swiss-Prot)IDなどアミノ酸配列情報が記載されている場合は、DBRef欄に表示されますので、その配列の由来を知ることができます。各ChainをクリックするとそのChainのアミノ酸配列が表示されます。

2V9JPDBファイルを開いたときのContents Info Viewで見てみましょう。このPDBデータには、ChainA, B, Eの3本とコンパウンドが5、水分子が142存在していることが確認できます。Chain Eは、残基数が304で、アミノ酸配列はAAKG1_RATの構造であることが確認できます。下にはアミノ酸配列が二次構造とともに表示されます。

表示しているPDBデータの内容は、Contents Info Viewで確認できます。PDB ID、登録されているチェインのChain IDや残基数、アミノ酸配列、阻害剤や基質アナログ等の結合物や水分子が表示されます。

Compound(結合物)を確認する

Compoundをクリックすると金属イオンや化合物、その他の結合物(コンパウンド)の一覧が表示されます。このPDBデータには、ATPが2つ、AMPが1つ、MG(マグネシウム)が2つ、Chain Eに結合していることがわかります。

Contents Info View

PDB Summary Pageを表示する

PDBデータのより詳しい情報が必要な場合は、Contents Info View下部のPDBサマリーアクセスボタンをクリックしてください。選択されたPDB IDPDB Summary Pageがインターネットブラウザで開かれます。

AMP-activated protein kinase(AMPK) (2V9J)の表示例