Contents Info ViewでPDBデータの内容を確認する

PDBファイルを開くと、左側のStructure Viewには立体構造が、右側のContents Info ViewにはPDBの内容が表示されます。Structure Viewに表示されているPDB ID、登録されているチェインのChain IDや残基数、阻害剤や基質アナログ等の結合物(Compound)や水分子が表示されます。さらに詳細表示エリアには、アミノ酸配列や結合している化合物の内容が表示されます。PDBデータにChainが何本あるのか、単量体か多量体か、結合物はあるのか、それは何かなどを確認することができます。

各Chainとアミノ酸配列を確認する

IDリストにはPDB IDが、ContentsリストにはChain名とその残基数が表示されます。PDBデータにUni-Prot(Swiss-Prot)のIDなどアミノ酸配列情報が記載されている場合は、DBRef欄に表示されますので、その配列の由来を知ることができます。各ChainをクリックするとそのChainのアミノ酸配列が表示されます。

2V9JのPDBファイルを開いたときのContents Info Viewで見てみましょう。このPDBデータには、ChainA, B, Eの３本とコンパウンドが５、水分子が142存在していることが確認できます。Chain Eは、残基数が304で、アミノ酸配列はAAKG1_RATの構造であることが確認できます。下にはアミノ酸配列が二次構造とともに表示されます。

表示しているPDBデータの内容は、Contents Info Viewで確認できます。PDB ID、登録されているチェインのChain IDや残基数、アミノ酸配列、阻害剤や基質アナログ等の結合物や水分子が表示されます。

Compound（結合物）を確認する

Compoundをクリックすると金属イオンや化合物、その他の結合物（コンパウンド）の一覧が表示されます。このPDBデータには、ATPが２つ、AMPが１つ、MG（マグネシウム）が２つ、Chain Eに結合していることがわかります。

Contents Info View

PDB Summary Pageを表示する

PDBデータのより詳しい情報が必要な場合は、Contents Info View下部のPDBサマリーアクセスボタンをクリックしてください。選択されたPDB IDのPDB Summary Pageがインターネットブラウザで開かれます。

AMP-activated protein kinase(AMPK) (2V9J)の表示例

1. 二原子間の距離を測定する
   

2. 大きさを揃える
   

3. 数値を指定して向きを変更する
   

4. Bファクターで色分け表示にする
   

5. 表示の初期設定を変更する
   

6. 背景色と初期設定の変更
   

7. 背景色を透明にする

1. PDBファイルのサイト情報を表示する
   

2. 削除してPDBファイルに保存する
   

3. オートローテーションで見る
   

4. 新しいページに読み込む
   

5. 作成した図を複製して図を作る
   

6. 作図の基本の流れ
   

7. 二次構造をアサインする