チュートリアル

解析事例「B-factorで原子の揺らぎを比較する・ AlphaFold, SWISS-MODELの信頼度を表示する」を見る　▶

B-factorによる色分け表示で原子の揺らぎやモデルの信頼度を見る

PDBファイルに記載されている温度因子B-Factorの値を色分けして表示することができます。立体構造中で揺らぎの大きい原子と小さい原子を色で把握することができます。

AlphaFoldで出力されたPDBファイルではpLDDTに応じて、SWISS-MODELで出力されたPDBファイルではlocal confidenceの値に応じて色分けして表示することができます。

色分けの設定は、データ内に記載されたB-factorで相対的に分割するか、値を指定して分割するかを選択することができます。

Style & Color Panel

  1. PDBファイルを開く

  1. PDBデータの内容を確認する

  1. 球ピックで距離で選択する

  1. Workspaceに指定する

  1. 部分的に色をつける

  1. チェイン単位で表示を設定する

  1. 特定の残基に表示形式を設定する

  1. 原子間の距離を測定する

  1. 大きさを揃える

  1. 数値を指定して向きを変える

  1. Bファクターで色分け表示する

  1. 表示の初期設定を変更する

  1. 背景色と初期設定を変更する

  1. 背景色を透明にする

  1. サイト情報を表示する

  1. 削除してPDBファイルに保存

  1. オートローテーションで見る

  1. 新しいページに読み込む

  1. 作成した図を複製して図を作る

B-factorによる色分け表示にするには

  1. 1.Structure ViewでPDBデータを表示します。Style & Color PanelのColorからB-factorを選択します。

  2. 2.Structure Viewに表示されている構造がB-factorによる色分け表示になります。

  3. 3.Contents Info Viewでは、アミノ酸配列が色分け表示になります。

PREV. <<

>> NEXT

同一Pageに読み込まれた複数の構造は、同一のスケールで色分けされます。結合物の有無等の状態の違いによるB-factorの相違を比較することができます。

図は、Adenylate kinaseの阻害剤との複合体（左）とフリーの状態（右）を同一Pageに表示したものです。フリーの状態と比較して阻害剤との複合体は、コンフォメーションが異なるだけでなく、原子の揺らぎが小さくなっているのがわかります。

B-factorによる色分けのスケール設定するには

  1. 1.メニューのView > B-Factor...を選択し、B-factorウインドウを開きます。

  2. 2.Rampでは、色分けのスケールバーを表示する／表示しないを選択します。

  3. 3.Rangeでは、色分けの範囲を選択します。

　　Determine Automatic : 全ての原子のB-Factorの値の最高値と最低値を均等に６分割して色分け表示します。

　　Use Max-Min Cutoff : カットオフの最高値と最低値を指定します。

  1. 4.Applyをクリックします。

　         Altif        >         Waals　  　> 　チュートリアル　 > 　B-factorによる色分け表示で揺らぎを見る

PDBファイルを入手する

Q & A

Waalsの特長

解析事例

  1. 作図する基本の流れ

Waalsの特長

表示・解析例

PDBファイルを入手する

Q & A

チュートリアル

  1. PDBファイルを開く

  2. PDBデータの内容を確認する

  3. 球ピックツールを使用して距離で選択する

  4. Workspaceに指定する

  5. 部分的に色をつける

  6. チェイン単位で表示形式を設定する

  7. 特定の残基に表示形式を設定する

  1. 二原子間の距離を測定する

  2. 大きさを揃える

  3. 数値を指定して向きを変更する

  4. Bファクターで色分け表示にする

  5. 表示の初期設定を変更する

  6. 背景色と初期設定の変更

  7. 背景色を透明にする

  1. PDBファイルのサイト情報を表示する

  2. 削除してPDBファイルに保存する

  3. オートローテーションで見る

  4. 新しいページに読み込む

  5. 作成した図を複製して図を作る

  6. 作図の基本の流れ

  7. 二次構造をアサインする

  1. 二次構造をアサインする

AlphaFoldやSWISS-MODELの信頼度に合わせて色分けのスケール設定するには

  1. 1.B-factorウインドウのRangeで、Use Max-Min Cutoff (Min)を選択します。

  2. 2.Max.cutoffに90.0, Min.cutoffに50.0を入力します。

  3. 3.Applyをクリックします。