温度因子B-Factorによる色分け表示で、PDBデータの原子の揺らぎを示すことができます。ColorをB-Factorに設定すると、PDBファイルに記載されているB-Factorの値を色分けして表示します。

AlphaFoldやSWISS-MODELで得られたPDBファイルでは、それぞれ、pLDDT, local confidenceの値で表示され、モデルのアミノ酸残基ごとの信頼度を確認することができます。

2.  SWISS-MODELのPDBファイルの例

SWISS-MODELで得られたモデル構造では、アミノ酸残基ごとの信頼度がQMEANDIsCo Localの値として、0〜1.0の間で記載されています。色分けの設定をBlue ≥ 0.8, Red < 0.2にしています。信頼度が高い領域（青）と、信頼度が低い領域（赤）の位置が立体構造上とアミノ酸配列上で確認できます。

1.　AlphaFoldのPDBファイルの例

AlphaFoldで予測された構造モデルでは、アミノ酸残基ごとのModel Confidenceを示すpLDDTの値に基づいて色分けして表示します。CartoonのColorをB-factorにします。色分けの設定で、Very highのBlue ≥ 90.0, Very lowのRed < 50.0にしています。

pLDDTが高く信頼度の高い領域（青）とpLDDTが低く信頼度が低い領域（赤）の位置が、立体構造上とアミノ酸配列の両方で確認できます。

解析事例

3.　PDBのX線結晶構造解析の例

Alpha-Galactosidaseのガラクトース（Space-filingで示す）を結合している状態(1R47)（左）とフリーの状態(1R46)（右）のPDBファイルを示します。 ガラクトースとの複合体（左）の方が、フリーの状態（右）と比べてBlueの原子が多いため、原子の揺らぎが少なく、安定していることが確認できます。