1.　１つのPageに２つのPDBデータを読み込む

1. (1)１つのPageに1YDR（左）と1STC（右）のPDBデータを読み込みます（図１）。
   

2. (2)ここでは、「２つのPDBデータの向きを揃える 」で、予め向きを揃えて前処理したPDBデータを使用しています。

2.　Compound Interfaceで阻害剤近傍の残基を抽出する

1. (1)それぞれのPDBデータでCompound Interfaceを実行します。Cut-off Distanceは4.0[Å]に設定します。
   

2. (2)Structure Viewでは、ResiduesのColorがDistanceに変更され、阻害剤からの距離に応じて色分け表示されます（図２）。

3.　Workspaceで抽出された構造を見る

1. (1)Workspace Cにはそれぞれ阻害剤から4.0[Å]以内に原子が存在するアミノ酸残基が抽出されています。

6.　全体構造を表示する

1. (1)全体構造を好みの基本表示に指定します。ここでは、Style & Color PanelでResiduesのチェックボックスをOFFにし、CartoonsをONにしてStyleをRibbonsにしています。
   

2. (2)Main-spaceに切替えます。
   

3. (3)距離表示を非表示にするには、Label & Distance PanelでDistanceのチェックボックスをOFFにします。

PKAと阻害剤H7(IQP)複合体（左）とPKAとスタウロスポリン (STU) 複合体（右）における阻害剤との水素結合の比較。

阻害剤H7(IQP)とPKAとの間には、Val 123およびGlu 170と２つの水素結合しか見られないが、スタウロスポリン(STU)

との間には、Val 123とGlu 170の他、Glu 121, Glu 127と間に４つの水素結合が見られる。

異なる阻害剤を結合したPDBデータを使用して、阻害剤との結合様式を比較するには、PDBデータの向きを揃えてから、Compound Interfaceを使用します。

ここでは、Protein Kinase A (PKA)の阻害剤H7複合体 (1YDR)とスタウロスポリン複合体 (1STC) を、Compound Interfaceを使用して阻害剤との結合様式を比較する例をご紹介します。

Waals 2013 チュートリアルでは、手順を詳しくご紹介しております。ご参照下さい。

5.　選択して表示

1. (1)インタフェースブラウザから酸素原子と窒素原子の距離の値が3.3[Å] 未満のものを選択し、Workspace Aに取り出します。Stick表示にします。
   

2. (2)インタフェースブラウザで距離の値が3.3[Å] 未満のものを選択し、DistanceメニューのShow Distance Labelで距離を表示します。ラベルを付けるにはラベルツールを使用します。

4.　Interface Browserで抽出結果を見る

1. (1)Interface Browserでは、抽出結果を表で確認することができます。
   

2. (2)Distanceをクリックすると原子間の距離の順で並べ替えられます。抽出結果から、距離の近いものを絞り込むことができます。図４は、1STCの結果を示しています。

図１

図２

図３

図４

図５

図６ PKAと阻害剤H7(IQP)複合体（左）とPKAとスタウロスポリン (STU) 複合体（右）における阻害剤との水素結合の比較。

解析事例

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