解析事例 > ダイマーインタフェースを抽出する

1.　PDBファイルを開く

(1)1NOWを開きます。Biological Unit 1のPDBデータを使用しています。サブユニットβのホモダイマー、β-Hexosaminidase B (Hex B)の状態です。
(2)２つのサブユニットの位置関係を把握するために、基本表示をCartoonsのStyleをCylinder & Strand、ColorをChainに、CompoundsをOFFにしています。２つのサブユニットがダイマーを形成しています（図１）。
(3)基本表示を変更します。CartoonsをOFFに、ResiduesのStyleを　Space-fillingに、ColorをChainにTypeはAll Atomsにします（図２）。２つのサブユニット間のアミノ酸残基が相互作用しているのが確認できます。

ダイマーインタフェースを抽出する　β-Hexosaminidase Bの例

2.　Chain Interfaceでサブユニット間の残基を抽出する

(1)メニューのTools > Chain Interface...を選択し、Chain Interfaceダイアログを開きます。
(2)Cut-off Distanceは3.0[Å]に設定します。
(3)Findをクリックします。
(4)Structure Viewでは、ResiduesのColorがDistanceに変更され、互いにサブユニットからの距離に応じて色分け表示されます（図３）。

3.　Workspaceで抽出された構造を見る

(1)Workspace Cにはサブユニット間で3.0[Å]以内に原子が存在するアミノ酸残基が抽出されています。
(2)ここでは、Contents Ind View内のStyle & Color Panelで、一方のサブユニットでResiduesのColorをAtom Color Carbon With > light blue、もう一方のサブユニットをAtom Color Carbon With >light redに設定しています。
(3)ラベルツールでラベルを付けます（図８）。

Chain Interface機能を使用して、ダイマーインタフェースを検出することができます。

目で確認して探すのには難しい、サブユニット間に存在するアミノ酸残基を網羅的に見つけることができます。

ここでは、ホモダイマーのβ-Hexosaminidase B (1NOW)を使用し、２つのサブユニット間で3.0 [Å] 以内の原子を含むアミノ酸残基を抽出する例をご紹介します。

6.　距離を表示

(1)Stick表示にします。Workspace内の残基を⌘＋Aで全てを選択し、メニューのStructure > Residues > Style > Stickを選びます。
(2)インタフェースブラウザで、抽出された６つの原子のペアを全て選択し、DistanceメニューからShow Distance Labelを選択して、Structure Viewに距離を表示します（図９）。

4.　Interface Browserで抽出結果を見る

図１

図２

図３

図５

図６

図８

図９ Hexosaminidase Bの２つのサブユニット間で3.0[Å]以内に存在しているアミノ酸残基とその結合の様子。

3.　モノマーの構造で接触面を見る

(1)ダイマーのうちの右側のChainを非表示にします。Contents Into View内のStyle & Color PanelでChain A No.1のResiduesのチェックボックスをOFFにします（図４）。
(2)接触面を見るために90度回転します。メニューのView > Rotate...でRotateダイアログを開きます。
(3)Y-axisに-90を入力し、Applyをクリックします。構造がY軸方向に-90度回転し、接触面を見る事ができます（図５）。
(4)色が赤いほどもう一方のサブユニットに近いことを示します。赤で示された残基は相手のサブユニットから3.0[Å]以内に原子が存在するアミノ酸残基です。