PDBファイルには、同じタンパク質でもPDBファイルによって、初期の向きが異なっている場合があります。そのような場合は、重ね合わせにより、異なるPDBデータの向きを揃えることができます。

さらに、初期の向きを揃えた状態でライブラリに格納すれば、その後の解析に便利です。

ここでは、Protein Kinase A (PKA)の阻害剤H7複合体 (1YDR)とスタウロスポリン複合体 (1STC) の２つのPDBデータをの向きをAuto-Fitにより向きを揃える例をご紹介します。

2.　Auto-Fit機能で重ね合わせる

1. (1)メニューのTools > Auto Fit Chains... で２つの構造を重ね合わせます。
   

2. (2)1YDRのChain E(light red)に基づいて、1STCのChain E(yellow green)を重ね合わせます。
   

3. (3)２つの構造の向きが揃いました。

1.　１つのPageに２つのPDBデータを読み込む

1. (1)1YDRと1STCのPDBファイルを開きます。
   

2. (2)メニューのPage > Insert... で１つのPageに２つのPDBデータを読み込みます。
   

3. (3)画面を２つに分割し、併置して表示します。

3.　好きな向きでライブラリに格納する

1. (1)Structure Viewで回転させると、２つの構造が揃ったまま回転します。好きな向きに設定します。ここでは、阻害剤が見やすい向きにしてみました。
   

2. (2)メニューのLibrary > Fix Orientation...を実行すると、ライブラリのPDBデータが、表示されている向きに書き換えられます。
   

3. (3)ここまでの処理を解析の前に行っておくと、その後便利です。新しいPageでこれらのPDBデータを読み込むと、最初からこの向きになります。
   

4. (4)この向きでPDBフォーマットファイルに保存するには、メニューのFile > Save As PDB Format...を選択します。

PKAと阻害剤H7複合体 (1YDR)（左）とスタウロスポリン複合体 (1STC)（右）

解析事例