関連情報 PDBの使い方 > 様々な条件でPDBファイルを検索する
Advanced Searchで様々な条件でPDBファイルを検索する
RSCB(USA) PDBのサイトのトップページの赤で示した部分「Advanced」をクリックして Advanced Searchのページを開きます。
1. Advanced Searchのページを開く
「Choose a Query Type:」をクリックすると、検索の条件が表示されます。
検索したい項目を選択すると、入力するフォームが表示されます。
3. 複数の条件で検索する
2. 検索の方法を選択する
アミノ酸配列のモチーフや、リガンドの有無、酵素の種類や化学修飾の種類等、条件を選択して検索することができます。
また、検索条件を追加して、複数の条件に合致したものを検索することもできます。
4. 検索結果を見る
検索結果の一覧が表示されます。
51件のデータが検索されました。DNA複合体の2599件とモチーフを持つ1437件から、一度に51件に絞り込むことができました。
「Query Parameters」で検索の条件を確認できます。
複数の条件で検索する例として、DNAとの複合体で、かつ特定のモチーフを持ったタンパク質を検索する例を紹介します。
モチーフで検索する
モチーフで検索するには「Choose a Query Type:」から「Sequence Motif」を選択します。
モチーフを入力するフォームが表示されます。
Motifの欄にモチーフを入力します。
ここでは、「GXXXXGKS」と入力します。
検索条件を追加する
検索条件を追加するには、右側の「Add Search Criteria」をクリックします。
追加するためのフォームが表示されます。
DNAやRNAとの複合体を検索する
タンパク質とDNAやRNAの複合体を検索するには、まず「Choose a Query Type:」から「Macromolecule Type」を選択します。
入力フォームが表示されます。
DNAやRNAの有無を選択できます。
ここでは、Contains ProteinとContains DNAをYes、Contains RNAとContains DNA/RNA HybridをNoに指定します。
「Submit Query」をクリックします。
「Result Count」をクリックすると、それぞれの条件に合う数が表示されます。ここでは、１つ目が2599件、２つ目が1437件あることがわかります。
検索結果の一覧からは、PDB IDの下に表示されているボタンをクリックしてPDBファイルをダウンロードしたり、立体構造を表示したりすることができます。PDB IDや項目をクリックすると、そのデータのPDBサマリーページが開かれ、詳細を確認することができます。
検索結果一覧からの選択については、 こちらをご参照ください。
サマリーページについては、 こちらをご参照ください。
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