RSCB(USA) PDBのサイトの「Search」から「Advanced Search」をクリックして Advanced Searchのページを開きます。

通常のテキスト検索は、「Full Text」で行います。

「Structure Attributes」では、様々な構造の属性を指定して検索できます。

テキスト検索だけでなく、アミノ酸配列のモチーフや、化合物、DNAやRNAとの複合体の状態等、条件を選択して検索することができます。

検索条件を追加して、複数の条件に合致したものを検索することもできます。

検索結果の一覧が表示されます。19件のデータが検索されました。

kinaseの59,793件、タンパク質と核酸の複合体13,003件、AMP-PNPを結合する構造1,146件から、一度に19件に絞り込むことができました。

PDB IDやタイトルをクリックするとサマリーページで確認できます。

複数の条件で検索する例として、kinaseであり、核酸との複合体で、かつリガンドにAMP-PNPを結合したタンパク質を検索する例を紹介します。

「Sequence Motif」をクリックします。入力欄にモチーフを入力します。必要に応じて、Sequence TypeやModeを選択します。Returnで「Polymer Entities」を選択します。Countをクリックすると件数が表示されます。

サマリーページについては、 こちらをご参照ください。

様々な条件でPDBファイルを検索する

UniProt経由でPDBファイルをダウンロードする

SWISS-MODELの使い方

SWISS-MODEL Repositoryでモデル構造をダウンロードする

Automated Modeでホモロジーモデリングを行う

「Structure Attributes」の「ID(s) and Keywords」から

GenBankの場合は、「Accession Code(s) - GenBank」

UniProtのの場合は、「Accession Code(s) - UniProt」を選択します。Accession Codeを入力します。

立体構造が発表された論文で検索したい場合は、PubMed IDによる検索が便利です。

「Structure Attributes」の「ID(s) and Keywords」から「PubMed ID」を選択します。PubMed IDを入力します。

「Structure Attributes」の「Entry Features」から「Entry Polymer Types」を選択します。

Select valueで、Nucleic acid (only), Protein/NA等から複合体の状態を選択します。

「Chemical Attributes」をクリックします。「Chemical Components」から「Chemical Name」等で検索できます。

「Identifier Codes - PubChem」や「Identifier Codes - ChEMBL」等を選択し、PubChemやChEMBLのデータベースのIDを入力すると特定の化合物を指定して検索することができます。

1. (1)Full Textの入力欄に、「kinase」と入力します。Countをクリックすると59793件あることが確認できます。
   

2. (2)Structure Attributesの「Entry Features」から「Entry Polymer Types」を選択し、Protein/NAを選択します。
   

3. (3)Chemical Attributes の 「Chemical Components 」から「Identifier Codes - ChEMBL」を選択します。AMP-PNPのIDである「CHEMBL1230989」を入力します。
   

4. (4)Countをクリックすると、この条件での検索結果の件数が表示されます。
   

5. (5)Searchをクリックして検索します。

AlphaFold DBから立体構造モデルをダウンロードする