RCSB(USA) PDBのサイトのトップページ

https://www.rcsb.org　にアクセスします。

右図のサイトが表示されます。赤で示した検索用のTop Barにキーワードを入力します。

計算によるモデル構造を含む場合は、Include CSMのトグルをONにします。

検索したいタンパク質が決まっている場合は、UniProt Accession Codeでの検索が便利です。ここでは、adenylate kinase (E. coli), UniProt Accession Code: P69441を検索します。

Top Barに「P69441」を入力します。

in Accession Code P69441 - UniProtと表示されるので、クリックします。

Protein Data Bank (PDB)のトップページのTop Barで、テキストによるキーワード検索やアミノ酸配列による検索ができます。

Top Barに分子名、著者名、UniProt Accession Codeなどのキーワードを入力します。

1,420件のデータが検索されました。

Refinementsでは、生物種や酵素の種類、解析手法、解像度等で検索結果を絞り込むことができます。

ここでは、E. coliとX-RAY DIFFRACTIONを選択し、▶︎をクリックして絞り込みます。検索結果が59件に絞られました。

様々な条件でPDBファイルを検索する

UniProt経由でPDBファイルをダウンロードする

SWISS-MODELの使い方

SWISS-MODEL Repositoryでモデル構造をダウンロードする

Automated Modeでホモロジーモデリングを行う

検索結果の一覧が表示されます（左）。 21件のデータが検索されました。

PDB IDやタイトルをクリックすると、そのデータのPDBサマリーページが開かれ、詳細を確認することができます。

「Explore in 3D」をクリックすると、立体構造を表示して確認することができます。「Sort by」をクリックすると、公開日や解像度等でソートすることができます。

キーワード検索では、例えばタンパク質名adenylate  kinaseを

検索する場合、入力するテキストによって、

・adenylate  kinaseでは、adenylateかkinaseのいずれかを含む

・adenylate + kinaseでは、adenylateとkinaseの両方を含む

・“adenylate  kinase”では、 正確に一致したフレーズを持つ

エントリーが検索されます。

ここでは、”adenylate kinase”と入力して、検索します。

AlphaFold DBから立体構造モデルをダウンロードする

参考　Advanced Searchでは、リガンドの化合物や複合体のタイプ、アミノ酸一致度、モチーフで検索することができます。また、複数の条件を指定して絞り込むことができます。 様々な条件でPDBファイルを検索する　▶︎