RCSB(USA) PDBのサイトのトップページを開きます。赤で囲った部分「Search」をクリックして、

「Sequence Similarity Search」を選択します。

Advanced Search Query Builderの Sequence Similarityの入力欄が開かれます。

参考：Top Barに配列を入力して検索することもできます。その場合は、デフォルトの検索条件が適用されます。

アミノ酸配列や核酸配列の類似性で、Protein Data Bank (PDB)からPDBファイルを検索することができます。

1. (1)Sequence Similarityの入力欄に、アミノ酸配列を入力します。ここでは、ヒトPAX-6のアミノ酸配列を入力しています。
   

2. (2)Search TypeでProtein, DNA, RNAからProteinを選択します。
   

3. (3)相同性の高いものを検索したい場合は、必要に応じて、E-Value Cutoff、Identity Cutoffの設定をします。
   

4. (4)検索結果でアミノ酸一致度やE-Value、アライメントを表示するには、Returnで「Polymer Entities」を選択します。
   

5. (5)計算による構造モデルを含める場合はInclude Computed Structure ModelsをONにします。
   

6. (6)Countをクリックすると、この条件での検索結果の件数が表示されます。
   

7. (7)Searchをクリックして検索します。

参考　Advanced Searchで「Sequence Similarity」を開いてもアミノ酸配列を検索することができます。Advanced Searchでは、複数の条件を指定することができます。

検索結果の一覧が表示されます。ここでは、5件のデータが検索されました。

検索結果の一覧では、アミノ酸一致やE-Value、一致している領域が示されます。

「Alignment Reference」では、 入力したアミノ酸配列と検索された構造のアミノ酸配列とのアライメントが表示されます。 インサージョンや一致しない残基が確認できます。

PDB IDやタイトルをクリックすると、そのデータのPDBサマリーページが開かれ、詳細を確認することができます。

PDBサマリーページからPDBファイルをダウンロードするには、こちらをご参照下さい。

参考　Entry Idの欄にPDB IDを入力して、PDBデータと類似な配列を持つPDBファイルを探すこともできます。

様々な条件でPDBファイルを検索する

リガンドの名前でPDBファイルを検索する

SWISS-MODELの使い方

SWISS-MODEL Repositoryでモデル構造をダウンロードする

Automated Modeでホモロジーモデリングを行う

AlphaFold DBから立体構造モデルをダウンロードする