>>    AlphaFold DBから立体構造モデルをダウンロードする

1. UniProtのエントリーページを開く

UniProt経由でPDBファイルをダウンロードする

UniProtで、タンパク質のエントリーページを開きます。ここでは、ヒトインスリンレセプター（P06213 INSR_HUMAN）のページを示しています。

2. Structureの情報を表示する

UniProtの個々のエントリーのページでは、PDBのデータや、AlphaFoldやSWISS-MODELで予測されたモデル構造のデータを確認できます。

リンクされた各々のデータベースからPBファイルをダウンロードすることができます。

  1. (1)左側に並んだ項目の「Structure」をクリックすると、「Structure」の項目に移動します。

  2. (2)PDBデータの一覧が表示されます。選択されたデータの立体構造が上部に表示されます。

  3. (3)左から、PDB ID、手法、解像度、ファイル内で相当するChain、アミノ酸配列の領域が示されています。

  4. (4)PDBのリンクをクリックしてアクセスします。ここでは、RCSB-PDBの例を示します。

  5. (5)AlphaFoldにより既に予測された構造モデルがある場合は、表をスクロールすると確認できます。

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PDBの使い方

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SWISS-MODELの使い方

SWISS-MODEL Repositoryでモデル構造をダウンロードする

Automated Modeでホモロジーモデリングを行う

受託

2. AlphaFoldやSWISS-MODELで予測された構造モデルをダウンロードする

AlphaFold Protein Structure Database (AlphaFoldDB)には、AlphaFoldにより予測された立体構造モデルのデータが登録されています。

また、SWISS-MODEL Repository (SMR)には、SWISS-MODELのホモロジーモデリングによる立体構造モデルのデータが登録されています。UniProtから、これらの構造データにアクセスできます。

  1. (1)AlphaFoldDBの構造モデルのページが開かれます。PDB Fileをクリックしてダウンロードします。

  2. (2)SWISS-MODEL Repositoryの構造モデルのページが開かれます。矢印のアイコンをクリックしてPDBファイルをダウンロードします。

RCSB-PDBのリンク先

AlphaFoldDBからのダウンロードは「 AlphaFold DBから立体構造モデルをダウンロードする」を、SMRからのダウンロードは「 SWISS-MODEL Repositoryでモデル構造をダウンロードする」をご参照ください。

AlphaFold DBから立体構造モデルをダウンロードする