Protein Data Bank (PDB)からは、これまでに公開されているタンパク質の立体構造のデータをダウンロードすることができます。

関連情報の「PDBの使い方」では、実際にダウンロードする手順をご紹介しています。

■　Protein Data Bank (PDB) はアルティフ及びWaalsが運営するものではありません。ご利用にあたっては、PDBの使用規約をご一読ください。

1. ■PDBのサイトにアクセスするには？
   

PDBデータはRCSB PDB、PDBe、PDBjで公開されています。

RCSB PDB　http://www.rcsb.org/pdb/

PDBe 　http://www.ebi.ac.uk/pdbe/

PDBj　http://www.pdbj.org/

本サイトで紹介しているPDBの使い方は、RCSB PDBのサイトです。

1. ■PDBフォーマットファイルとは何ですか？
   

Protein Data Bank (PDB)に登録する際の立体構造座標データの形式をPDBフォーマットと呼ばれています。

PDBフォーマットファイルは、PDBからダウンロードすることができます。

Waalsでは、PDBフォーマットファイルを入力ファイルとして使用します。

1. ■PDBファイルは無料で利用できますか？
   

無料でダウンロードできます。

1. ■PDB IDとはなんですか？
   

Protein Data Bank (PDB)には、これまでに公開された立体構造データが登録されています。

PDBでは、それぞれの立体構造はPDB IDというIDで管理されています。PDB IDがわかれば、構造データが決まります。

1. ■PDBからPDBフォーマットファイルをダウンロードするには？
   

PDBのトップページで、PDB IDを入力し、Goをクリックすると、対象となる立体構造の情報がまとめられたサマリーページが表示されます。Downloadの欄からダウンロードします。

関連情報の「PDBファイルをダウンロードする」で、実際の手順をご紹介しています。ご参照下さい。

1. ■論文に出ている立体構造データと同じものを入手するには？
   

論文に使用されている立体構造データにはPDB IDが記載されることになっています。

論文中に記載されているPDB IDを確認して同じPDB IDのデータをPDBからダウンロードします。

キーワード検索で論文のタイトルを入力して検索することもできます。「 キーワードでPDBファイルを検索する」をご参照ください。

構造決定された論文のPubMed IDで検索することも可能です。

1. ■PDBファイルのデータを読むには？
   

PDBファイルはテキストで書かれています。PDBファイルの内容をテキストで見るには、ファイルをテキストエディットで開きます。

1. ■多量体のデータを入手するには？
   

PDBでは、同じPDB IDで結晶状態のAsymmetric Unitの他に、多量体等のBiological Assemblyの座標データも公開しています。 Biological Assemblyのファイルをダウンロードする手順は、「Biological Assemblyのファイルをダウンロードする」でご紹介しています。

Q&A Indexへ

Altif > Waals > Q&A >

Waalsユーザーの方は、 ユーザーサポート へご連絡ください。

ご質問がありましたら、お気軽にこちらへどうぞ。

Waalsの概要を見る　▶

Waalsの機能一覧を見る　▶

システム条件を見る　▶