ダウンロードしたモデルの立体構造のファイルをWaalsで表示します。ダウンロードしたファイル、model.pdbをWaalsアイコンにドラッグするか、メニューのFile > Openから開きます。

前ページに続き、モデリングの計算が終了した後、モデルのファイルをダウンロードする手順をご紹介します。

SWISS-MODEL Repository及びAutomated Modeでのモデリングについては、SWISS-MODELより許可を得て、リンク、ご紹介をしております。

SWISS-MODELを使用して変異体のモデル構造を作成し、Waalsを使用して変異による立体構造への影響について解析した例をご紹介しています。ご参照ください。

3. (3)report_htmlをクリックすると、Model Building Reportが開かれます。
   

4. Model Building Reportでは、作製したモデルの情報が確認できます。この例では、入力したアミノ酸配列のうち残基番号55～345に相当するモデルが作製され、テンプレート構造はPDB IDが3vn9のChain Aでアミノ酸配列の一致度が83.71%であることがわかります。モデルの品質評価を示すQMEANDisCo Globalは0.76でした。ターゲットとテンプレートのアライメントも表示されます。

ホモロジーモデリングでは、大きなコンフォメーション変化を予測することはできません。また、モデル構造は推測されたものであり、X線結晶構造解析やNMR等で決定された構造とは異なる場合もあります。お使いの際には、SWISS-MODELのサイトをご確認ください。

SWISS-MODELで行ったホモロジーモデリングの結果

左がテンプレート構造（3VN9 Chain A）、右が作成されたDual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 3 (55 - 345) の立体構造モデル。

様々な条件でPDBファイルを検索する

UniProt経由でPDBファイルをダウンロードする

SWISS-MODELの使い方

SWISS-MODEL Repositoryでモデル構造をダウンロードする

Automated Modeでホモロジーモデリングを行う

1. (1)モデリングが終了すると次の画面になります。矢印の Project Dataから、 Project Archiveを選択すると、モデリングの結果がダウンロードされます。

2. (2)ダウンロードしたフォルダ「swissmodel」を開きます。構築したモデルの座標データであるPDBファイルはProject名がついたフォルダ内の「models」に格納されています。ここでは、models > 01 > model.pdbです。モデルを複数作製した場合は、複数のフォルダ（01, 02, 03 . . .）ができます。

4. (4) テンプレート構造に存在するリガンドがモデルに結合する可能性がSWISS-MODELの基準を満たしている場合は、構造モデルにもリガンドが結合した状態で構築されます。この例では、リガンドが結合した状態の構造モデルが構築されました。

ModellingをクリックしてmyWorkspaceを開きます。「Modelling Projects in Session」にテンプレート構造の検索結果やモデリングの結果が2週間保存されます。別のテンプレート構造を使用して再度モデリングをやり直すことができます。

SWISS-MODELでは、Automated Modeのほかにアライメントモードやテンプレートモード等が用意されています。「Modelling」から、それぞれのモードの入力画面を選択することができます。