複数のPDBファイルを利用する

複数ファイルを同一画面に表示する

複数の立体構造を併置したり、重ね合わせや構造比較を行う場合には、一つのページに複数のPDBデータを読み込みます。

Structure Viewは画面を分割/切替えて表示することができます。

Contents Info Viewでは、ファイルごとに切替えて表示します。

画面の分割と切替え表示

Waalsでは、PDBデータを複数の画面に分割して表示したり、PDBデータを1つずつ切り替えて表示することができます。

複数の構造を併置して比較する場合は、画面を分割して表示すると便利です。それぞれの構造を中心に、一緒に回転させて見ることができます。

切替え表示は、ファイル毎に切替えて見ることができます。重ね合わせた結果を見る場合にも便利です。

切替え表示

分割表示

回転

画面の分割は4分割まで

画面の分割は4分割まで可能です。 画面の分割数(1〜4)、どのPDBデータをどのエリアに表示するかの指定、PDBデータごとの表示/非表示の設定ができます。

分割した状態で、Compound Interface等の解析機能や、ツールアイコン、Workspaceを使用することができます。複数の構造を使って、阻害様式の比較などを行う時に便利です。

複数のPDBファイルを同一書類の複数ページで

一つの書類に複数のPDBファイルを読み込んで、それぞれのPDBデータを個別に、ページごとに表示することができます。解析に必要な一連のファイルを読み込み、同一書類で作図、解析ができます。複数のPDBファイルを表示しながら解析を進めたい時に便利です。

トリプシンファミリーのPDBファイル4種を同一書類に読み込んだ例。Page1〜4にそれぞれ表示されます。

左からTrypsinogen and its Complexes with Inhibitors(2PTC), Trypsin(3M35), Chymotrypsin (6CHA), Elastase (7EST)。

Waalsの特長

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蛋白質のためのインタフェース

Waalsの特長

見る・調べる

作図する

分子間の距離関係を調べる

重ね合わせと比較

もっと便利に

保存する

動画を作成する

Ras protein (5P21)にRan and Ran binding domain complex (1RRP)のChain AをAuto-Fitで重ね合わせた結果を表示しています。