よく使うアミノ酸残基の位置を登録する

サイト機能を使えば、解析時に何度も使用するアミノ酸残基の位置を保存しておくことができます。活性中心や結合部位の残基等、研究対象として着目している残基など、好きな残基の位置をサイトとして登録できます。登録した残基を選択したり、表示形式を変えることが可能です。 一度、登録すれば、書類内の他のページからも利用できます。

2PTCの二次構造をアサインし直した例

二次構造をアサインする

立体構造に二次構造をアサインします。二次構造はDSSPに基づいて判定します。PDBファイルに二次構造情報が記載されていない場合や、DSSPの判定でアサインし直したい場合に便利です。立体構造座標をPDBフォーマットに保存する時には、二次構造情報も保存されます。

開いたPDBファイルはライブラリに登録

Waalsでは、開いたPDBファイルは自動的に書類内のライブラリに登録されます。各ページでは、ライブラリに登録されたPDBデータを参照して立体構造を表示します。一つのPDBデータから何枚も図を作ったり、複数の解析を行ったりすることができる上、書類のサイズをコンパクトにすることができます。

Protein Kinase A の3つのPDBファイル（左から1Q24, 1STC, 1SZM）の向きをAuto-Fitにより揃え、1SZMの使わないチェインを削除し、使いたい向きでライブラリに格納した例。ここまで前処理しておくと、後の解析が簡単になります。

PDBデータに別のPDBデータの部分構造をマージする

Page内に２つのPDBデータを読み込んだ時に、一方のPDBデータの構造をもう一方のPDBデータに取り込む（マージする）する機能です。PDBデータAをPDBデータBに重ね合わせた後、AのCompoundやChainを選択してBのPDBデータにマージすることができます。

PDBデータA (light blue)のCompound（赤丸）をPDBデータB (light red)にマージしてはめ込んだ例。

Waalsの特長

もっと便利に

1. ページ機能
   

2. ライブラリ機能
   

3. 複数のPDBファイルを使う
   

保存する

1. Copy & PasteでFigureを作成
   

2. Waals書類でそのまま保存する
   

3. 図のイメージや立体構造座標を保存する
   

動画を作成する

1. 動画を作成する
   

2. 作成した動画

作図する

1. 基本の表示形式を設定する
   

2. 部分的にスタイルを設定する
   

3. 立体構造の向きや大きさをそろえる
   

分子間の距離関係を調べる

1. タンパク質と結合物との距離関係を調べる
   

2. チェイン間の距離関係を調べる
   

重ね合わせと比較

1. 立体構造を重ね合わせる
   

2. 立体構造を比較する
   

3. 重ね合わせ・比較機能を使って