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タンパク質間の距離関係を調べる Chain Interface
タンパク質間のインタフェースを検出する
サブユニット間、抗原と抗体、受容体とリガンドの相互作用や、DNA/RNAとの相互作用に関するアミノ酸残基を検出するには、Chain Interfaceが便利です。２つのChainの構造から指定した距離範囲にある残基を一括して抽出できます。網羅的に検出できるので見落としがありません。抽出されたアミノ酸残基の構造はWorkspaceに出力され、表形式で確認できます。距離に応じて色分け表示により、他のチェインと近い領域が一目で確認できます。
抽出された部分はWorkspaceに格納され、詳細を確認することができます。
全体構造での抽出部分
サブニュニット間のインタフェースを検出する
Chain Interface機能を使用して、サブユニット間のインタフェースを検出することができます。下図はHexosaminidase B(1NOW)で２つのChain間で3.0Å以内の原子を含むアミノ酸残基を抽出した例です。
ダイマーのうちの左側の鎖のみを表示し、90度回転する 接触面がわかりやすくなります。色が赤いほどもう一方のサブユニットに近いことを示します。Contents Info Viewでは、アミノ酸配列上で確認できます。
インタフェースブラウザでもっと詳しく
抽出結果は、インタフェースブラウザに表示されます。抽出されたアミノ酸残基や、原子間の距離を表形式で見る事ができます。
抽出結果は、タブ区切りのテキストで保存できます。NumbersやExcel等の表計算ソフトで読み込んで利用することができます。
Waalsの特長
タンパク質分子のためのインタフェース
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分子間の距離関係を調べる
重ね合わせと比較
蛋白質のためのインタフェース
Waalsの特長
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Chain Interfaceの使用例として、Hexosaminidase Bで、ダイマーインタフェースを抽出する例を紹介しています。
抗原と抗体の相互作用を検出する・エピトープを検出する
Chain Interface機能を使用して、抗原と抗体の間で距離が近いアミノ酸残基を検出することができます。距離に応じて色分け表示すれば、構造とアミノ酸配列上の双方で、抗原と抗体の近傍のアミノ酸残基が確認できます。抽出された残基はWorkspaceに格納されます。抽出された原子の種類と距離は表形式で出力されます。
IL-2と抗体の相互作用の検出
IL-2と抗体の相互作用の検出
受容体とリガンド、タンパク質と核酸（DNA/RNA）との相互作用を検出する
抗原と抗体の間で距離が近いアミノ酸残基を検出することができます。受容体とリガンドのペプチド間での相互作用（左）、DNAやRNAとタンパク質の相互作用（右）を検出する際にも便利です。
インターフェイスブラウザで原子間の距離を表形式で出力
IL-2(green)と抗体の軽鎖(light blue)および重鎖(light red)との間で4.0Å以内に位置するアミノ酸残基を抽出し、Stickで表示した例
IL-2と抗体の間で4.0Å以内に位置するアミノ酸残基を抽出し、表計算ソフトNumbersに読み込んだ例
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