Waalsの特長

自由に選択して隠す、削除する

PDBのデータには、多量体の状態や異なるタンパク質との複合体もあります。また、タンパク質の構造以外に水分子やリガンドや金属イオン等のコンパウンド、糖鎖などが含まれている場合もあります。Waalsでは、解析に使わない構造を表示空間から削除したり隠したりする機能を用意しています。チェイン単位、アミノ酸残基、空間的に選択した領域、コンパウンドなど自由に選択して、隠したり削除することができます。回転中心は、空間にある構造で決まりますので、操作後はすぐに動かして確認できます。

構造を削除する

Asymmetric Unitのファイルなど、PDBファイルに使用しないチェインがある場合は、使用しないチェインを削除して、見たいチェインだけを表示すると便利です。削除したい構造を選択してDelete機能で削除します。

NMRの複数モデルのうち使用しないモデルを削除する際にも便利です。削除した状態の座標をPDB形式で保存することもできます。削除した状態で何度も利用する場合に便利です。

Calmodulin (N domain)のNMRデータのファイル (1F55) に登録されている30のモデル（左）から先頭のモデル以外を削除した例（右）。

使わない部分を隠す Hide機能

今後使う可能性がある構造や、使わないが削除はしたくない場合は、削除せずに表示空間から隠すHide機能が便利です。隠したい構造を隠して、見たい構造だけを表示することができます。隠した構造はContents Info Viewから選択して元の状態に戻すことができます。

二量体のうちのモノマーと阻害剤だけを表示した例：

1R47(Alpha Galactosidase)には二量体の２つのChainが糖鎖が付加された状態

で登録されています（上）。下は、Chain B(Light Blue)と糖鎖等を隠し、モノ

マーと阻害剤のみの表示にしたものです。

他の部分に覆われて見えない結合ポケットの残基も、覆っているアミノ酸残基を隠すことで結合の状態が見やすくなります。

αアミラーゼ(3L2L)の基質結合部位AC5（Atom Colorで表示）はポケット内部に存在し表面からは見ることができませんが（左）、手前側のアミノ酸残基をHideで隠すと結合の様子を見ることができるようになります（右）。

見たいところを見るために

「隠す」構造の選択は、チェイン単位ではありません。隠したいドメインやアミノ酸残基を、Structure ViewやContents Info Viewから自由に選択して隠せます。解析内容に応じて、相互作用しているドメインだけを表示したり、結合ポケットを覆っている残基を除いたり、自由に「隠す」ことができます。

2AK3(Adenylate kinase)にはAsymmetric Unitとして２つのChainが登録されている（左）。Chain B(Light Blue)を削除した例（右）。

左は、Calcineurin A (Chain A), Calcineurin B (Chain B), FKBP12 (Chain C) の複合体1TCO。右は、Chain AのC末端領域と

他のChainとの相互作用を見るために、Chain AのN末端から347残基（赤点線の領域）を隠した状態です。

もっと便利に

1. ページ機能
   

2. ライブラリ機能
   

3. 複数のPDBファイルを使う
   

保存する

1. Copy & PasteでFigureを作成
   

2. Waals書類でそのまま保存する
   

3. 図のイメージや立体構造座標を保存する
   

動画を作成する

1. 動画を作成する
   

2. 作成した動画

作図する

1. 基本の表示形式を設定する
   

2. 部分的にスタイルを設定する
   

3. 立体構造の向きや大きさをそろえる
   

分子間の距離関係を調べる

1. タンパク質と結合物との距離関係を調べる
   

2. チェイン間の距離関係を調べる
   

重ね合わせと比較

1. 立体構造を重ね合わせる
   

2. 立体構造を比較する
   

3. 重ね合わせ・比較機能を使って