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立体構造を重ね合わせる　

トリオースリン酸イソメラーゼ (6TIM)のChain A (Magenta)に基づいて、Chain B (light blue)をAuto Fitで重ね合わせた例。

Ras protein (5P21) (Magenta) に基づいてG protein alpha (1TAD : A) (light blue)をAuto-Fitで重ねた例。

アミノ酸残基を指定して重ね合わせる　Superimpose機能

指定したアミノ酸残基に基づいて、全体を重ね合わせます。 アミノ酸残基の指定はContents Info Viewのアミノ酸配列から指定できます。３残基以上で残基数が同じであれば、連続していなくても構いません。活性中心やモチーフ、立体構造的に保存されている部分等、着目する部分を自由に指定することができます。指定した部分構造のRMSDが算出されるので、部分構造を比較する際にも便利です。

Waalsの特長

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Auto-Fitで自動的に重ね合わせる

２つのタンパク質の立体構造を自動で重ね合わせます。立体構造的によく重なり合う重ね方を自動的に検出するため、重ね合わせる部位を指定する必要がありません。 どこで重ねたらよいのかわからなくてもOK。Auto-Fit機能が、条件にあった最も重なり合う重ね合わせを見つけます。重なる部分が全体の一部でも、アミノ酸配列の類似性が低くても、構造の類似性に基づいて重ね合せることができます。

Auto-Fit

Auto-Fit

Superimpose

重ね合わせに指定した部分構造

Adenylate kinase (2AK3) (Light Red)とGuanylate kinase (1GKY)(Light Blue)をリン酸結合部位（下）に基づいてSuperimposeで重ね合わせた例

複数のPDBファイルを使う　▶

タンパク質分子のためのインタフェース

  1. 立体構造とアミノ酸配列を表示する２つのView

  2. 立体構造から調べる「ツールアイコン」

見る・調べる

  1. 立体構造を隠す・削除する

  2. フォーカスして調べる「ワークスペース機能」

  3. 近傍のアミノ酸残基を検出する「球ピック機能」

  4. 距離を測定する


もっと便利に

  1. ページ機能

  2. ライブラリ機能

  3. 複数のPDBファイルを使う

保存する

  1. Copy & PasteでFigureを作成

  2. Waals書類でそのまま保存する

  3. 図のイメージや立体構造座標を保存する

動画を作成する

  1. 動画を作成する

  2. 作成した動画

作図する

  1. 基本の表示形式を設定する

  2. 部分的にスタイルを設定する

  3. 立体構造の向きや大きさをそろえる

分子間の距離関係を調べる

  1. タンパク質と結合物との距離関係を調べる

  2. チェイン間の距離関係を調べる

重ね合わせと比較

  1. 立体構造を重ね合わせる

  2. 立体構造を比較する

  3. 重ね合わせ・比較機能を使って

PDBファイルを入手する

Q & A

チュートリアル

表示・解析例

  1. 立体構造とアミノ酸配列の表示

蛋白質のためのインタフェース

Waalsの特長

  1. 立体構造から調べる

見る・調べる

  1. 立体構造を隠す・削除する

  1. 部分的に取り出す

  1. 近傍のアミノ酸残基を検出する

  1. 距離を測定する

作図する

分子間の距離関係を調べる

  1. 基本の表示形式を設定する

  1. 部分的にスタイルを設定する

  1. 向きや大きさをそろえる

重ね合わせと比較

  1. 結合物との距離関係を調べる

  1. チェイン間の距離関係を調べる

  1. 立体構造を重ね合わせる

  1. 立体構造を比較する

  1. 重ね合わせ・比較機能を使って

もっと便利に

  1. ページ機能

  1. ライブラリ機能

  1. 複数のPDBファイルを使う

保存する

  1. Copy & PasteでFigureを作成

  1. Waals書類でそのまま保存する

  1. イメージや座標を保存する

  1. 動画を作成する

動画を作成する

  1. 作成した動画

チュートリアル

PDBファイルを入手する

Q & A

解析事例

Structure Comparison機能では、重ね合わせと同時に２つの構造で重なり合う類似な構造を抽出します。類似な部分と異なる部分を同定することで、より詳しく立体構造を比較することができます。

立体構造を比較する　▶

複数のPDBファイルを使う場合は、画面を分割し、併置して表示できます。

今すぐ試したくなるほど簡単　操作方法を動画で

操作は、２つのPDBデータを読み込んで、Auto-Fitを実行するだけです。

Waalsの特長 INDEX

動画（ビデオ）を見る　▶features5-1_files/autofit3_1_1.m4vfeatures5-1_files/autofit3.movshapeimage_4_link_0

解析事例「コンフォメーション変化を見る」　▶

重ね合わせを使用してコンフォメーション変化を見る事例を紹介しています。