原子を中心に、空間的に距離で選択

阻害剤、金属原子等のリガンドや、着目するアミノ酸残基など、一つの原子の近傍だけを選択したい時には、球ピックツールが便利です。着目する原子をクリックして、選択したい距離の分をドラッグするだけ。クリックした原子を中心に、ドラッグした分の距離を半径とした球内に存在する原子を含むアミノ酸残基が全て選択されます。立体構造を見ながら、直観的に原子の近傍にある残基を検出できます。

Phosphataseと阻害剤の複合体 (1IT6)（左）から、球ピック機能を使って、阻害剤のリン原子から半径10Å（中央）と5.0Å（右）以内の構造を選択し、Workspaceに取り出した例です。

Protein kinase Aと阻害剤スタロスポリンの複合体1STC（中央）で、スタロスポリンの原子から球ピック機能で選択してWorkspaceに取り出した例です。左は酸素原子(O5)から、右は窒素原子(N4)から半径4.0Å以内のアミノ酸残基です。

リガンドの原子から、近傍のアミノ酸残基を検出する

リガンドなど、結合物の原子の近傍にあるアミノ酸残基を検出することで、結合物の原子と結合する可能性のあるアミノ酸残基を見つけることができます。選択した構造はWorkspaceに取り出せば、一層見やすくなります。距離を徐々に短くすれば、候補を絞り込むこともできます。

TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE (6TIM)（左）から、Hisの側鎖のN原子(NE2)から半径5.0Åで構造を選択し、 Stickで表示（右）しています。

活性中心から近傍の構造を選択する

活性中心や結合部位など、着目するアミノ酸残基の近傍に何があるのか調べるのも、球ピックなら簡単です。着目するアミノ酸残基の原子をクリックして球状に選択するだけ。近傍の見たい残基だけを表示することができます。

球ピックツールの操作方法はこちら。

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球ピックツール

３ステップで、近傍残基を取り出せます。操作方法を動画（ビデオ）で紹介しています。