１つの原子と結合するアミノ酸残基を調べるには、球ピックによる選択が便利です。選択した原子から空間的に距離で選択することができます。

PYL proteinとプロテインホスファターゼ2C (PP2C)複合体(3KDJ)のPP2CにはMnイオンが結合しています。ここでは、球ピックを使用して、Mnイオンから3.0[Å]以内の原子を含むアミノ酸残基を選択し、調べる手順をご紹介します。

1.　PDBファイルを開く

1. (1)3KDJ を開きます。ここでは、PP2Cに相当するChain Bのみ表示しています。
   

2. (2)Style & Color Panelで、基本表示を設定します。ここでは、ResiduesのStyleをBall & Stickに、TypeはAll Atomsにします。CompoundsのStyleをSpace-fillingにします（図１）。

図２　Workspace Aに取り出した状態

図３　ラベルを貼り、ResiduesをStickで表示

図４　水分子の酸素を表示。CompoundsをStickで表示すると、PDBに結合状態が記載されている場合はボンドが表示されます。

2.　球ピックツールで選択する

1. (1)Structure Viewのツールアイコンから球ピックツールを選択します。マウスでMnをクリックし、ドラッグして3.0[Å]以内のアミノ酸残基を選択します。
   

2. (2)３つのアミノ酸残基の構造が選択されます。

3.　Workspaceに取り出す

1. (1)メニューのWorkspace > Add into Workspace Aを選択し、Workspace Aに取り出します。
   

2. (2)Workspace Aに切替えると、取り出した構造だけを見る事ができます（図２）。

図１　PP2Cに結合しているMn (Magenta)

4.　Workspaceで詳細を見る

1. (1)Workspace Aに取り出した構造は、Mnイオンと３残基のアミノ酸なので、回転させて互いの位置関係を見たり、ラベルを付ける操作も簡単です（図３）。
   

2. (2)球ピックでは、水分子も選択されます。水分子を表示するには、Style & Color PanelでWaterのチェックボックスをONにします（図４）。水分子がMnに配位しているのがわかります。

5.　表示形式を設定する

1. (1)Mnと結合している３つのアミノ酸残基を指定表示に設定します。３つの残基を選択し、メニューのStructure > Residues > Style > Stickを選択します。
   

2. (2)全体構造を基本の表示形式で表示します。ここでは、Style & Color PanelでResiduesのチェックボックスをOFFにし、ChainsをONにしてStyleをRibbons、ColorをLight Blueにしています。
   

3. (3)Main-spaceに切替えて全体を表示します（図５）。

図５　全体をRibbonsで表示し、検出したアミノ酸残基をStickで表示

解析事例