ProteinDataBank (PDB)からPDBファイルを取得する手順についての更新しました。

トップページからのキーワード検索のほか、アミノ酸配列の類似性や、DNA・RNAとの複合体のタイプ、リガンドの化合物、モチーフ等、複数の条件を指定できるAdvanced Searchも紹介しています。

　・Protein Data Bankのサイトについて

　・PDBファイルをダウンロードする

　・キーワードでPDBファイルを検索する

　・アミノ酸配列の類似性でPDBファイルを検索する

　・様々な条件でPDBファイルを検索する「Advanced Search」

見たい構造のタンパク質が決まっている場合は、UniProtで構造情報を確認すると便利です。

UniProtからは、PDBデータだけでなく、AlphaFold DBやSWISS-MODELによる構造モデルも確認できます。

　・UniProt経由でPDBやAlphaFoldDB, SMRの構造モデルをダウンロードする

あわせて、AlphaFoldやSWISS-MODELによる構造モデルのデータベースからのダウンロードの手順についても紹介しています。

　・AlphaFold Protein Structure Databaseから構造モデルをダウンロードする

　・SWISS-MODEL Repositoryで構造モデルをダウンロードする

Waalsをご活用のさいに、お役立ていただければ幸いです。

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