Waals概要解析機能タンパク質立体構造の重ね合わせと比較、距離による抽出

Waals概要解析機能

タンパク質立体構造の重ね合わせと比較、距離による抽出

チュートリアル

Waalsで立体構造をもっと詳しく。

ダイナミックな構造変化を示す構造データや類縁タンパク質の構造比較なら、重ね合わせ機能はかかせません。

Waalsなら重ね合わせも簡単に。また、抗原と抗体、受容体とリガンド等の複合体で重要な相互作用の検出の際も、

Waalsならタンパク質間や低分子との間で近傍に位置するアミノ酸残基を一括して網羅的に検出できます。

思い通りに重ね合わせる

タンパク質立体構造の重ね合わせも、Waalsなら簡単です。

自動的に重ね合わせるならAuto Fit機能、重ね合わせたい残基が決まっている時には、Superimpose機能で。似ているところをできるだけぴったりと、あるいは全体をおおまかに。Waalsなら、思い通りに分子を重ね合わせることができます。

立体構造を比較する　▶

Compound Interfaceについて詳しく　▶

相互作用を調べる

阻害剤やリガンド等の結合物、DNA、他のタンパク質分子との複合体データで、相互作用している部分を網羅的に調べたい時、Waalsなら、結合物やタンパク質間で近傍に存在する残基を一括して検出できます。検出された構造だけを取り出して、原子間の距離やそれぞれの位置関係を詳しく調べることができます。検出された原子間の距離は表形式で出力できます。立体構造とアミノ酸配列上では、距離による色分け表示で視覚的に確認できます。

重ね合わせの機能について詳しく　▶

立体構造を比較する

重ね合わせとともに、２つの立体構造がどのくらい重なり合うのかを評価することができます。重なり合う残基数やRMSDを算出し、立体構造の類似性を数値で比較することができます。

Auto Fit機能

タンパク質の立体構造を自動的に重ね合わせます。最も重なり合う重ね方を見つけるので、重ね合わせる残基を指定する必要がありません。２つのPDBファイルを読読み込んでAuto Fitを実行するだけ。気軽に重ね合わせを試す事ができます。

Superimpose機能

指定したアミノ酸残基に基づいて全体の立体構造を重ね合わせます。機能部位や活性中心など、着目した残基に基づいて重ね合わせることができます。部分構造を比較する際にも便利です。阻害剤などの分子構造を原子単位で重ね合わせることも可能です。

Structure Comparison機能

立体構造を重ね合わせた後、重なり合う残基を検出することで、２つの立体構造から類似な立体構造（共通構造）を自動的に抽出します。立体構造上で共通な構造と異なる構造を見分けるのに便利です。

共通構造の抽出結果を動画で見る　▶

Comparison Window

Comparison Windowには、抽出された残基と残基間の距離が表示されます。指定した距離内で重なり合う残基数やRMSDを算出し、立体構造の類似性を数値で評価することができます。

Chain Interfaceについて詳しく　▶

Compound Interface機能

低分子の結合物から指定した距離範囲に存在するアミノ酸残基を一括して検出します。阻害剤や基質アナログ、リガンドなどとの結合部位を検出するのに便利です。

Chain Interface機能

２つのChainの構造から指定した距離範囲にある残基を検出します。抗原と抗体の相互作用、受容体とリガンドの相互作用や、蛋白質とDNAとの相互作用に関するアミノ酸残基を検出する際に便利です。チェイン全体から網羅的に検出できるので、タンパク質間で近傍にあるアミノ酸残基を見落とすことなく検出できます。表形式で一覧でき、表計算ソフトで読み込むことができます。

Protein Kinase Aの阻害剤との結合の比較例を見る　▶

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