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Protein Data Bankのサイト
PDBの全てのデータには固有のPDB IDがつけられています。PDB IDは英数4文字からなっています。PDB IDが分かれば、目的の立体構造を検索できます。PDBデータを引用した論文には、使用したPDBデータのPDB IDが記載されています。
個々のPDBデータの情報
PDB IDについて
Protein Data Bank (PDB)には、現在9万件を超える立体構造データが登録されています(2013年7月現在92,505件)。ここでは、RCSB(USA) PDBのサイトをご紹介します。RCSB(USA) PDBのサイトのトップページは、http://www.rcsb.org/pdbです。
それぞれのPDBデータのサマリーページには、著者、文献、分子(タンパク質名)、生物種、リガンドの化合物など、そのPDBファイルに登録されている分子の情報が記載されています。このページから、各種フォーマットのファイルをダウンロードしたり、立体構造を表示することができます。
PDBフォーマットファイルとは
Waalsで使用するタンパク質の立体構造データは、Protein Data Bank (PDB)フォーマットファイルです。
右は、PDBファイルの一部です。アミノ酸残基を構成する各原子のX, Y, Z座標が記載されています。
PDBからファイルをダウンロードしてご利用になる際には、トップページの左上のUsage / Reference Policiesをご覧下さい。
また、サイトに関するFAQはWebsite FAQに記載されています。
PDBの利用について
View in 3DをクリックするとJmolで立体構造を表示できます。Simple Viewer等、他のビューアも利用できます。
クリックしてダウンロードします。
PDB ID
原子
左からX, Y, Z座標
例えば、左の図の一行目は、
チェインAの10番目のAspの窒素の原子の座標が
(35.563, 22.330, -0.508)である
という記載です。
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