ダイマーインタフェースを抽出する β-Hexosaminidase Bの例

Chain Interface機能を使用して、サブユニット間に存在するアミノ酸残基を網羅的に見つけることができます。ここでは、β-Hexosaminidase Bの2つのサブユニット間で結合に関与しているアミノ酸残基を抽出する例をご紹介します。

コンフォメーション変化を見る Elongation Factor Tuの例

Elongation Factor TuのGTP結合型とGDP結合型の2つの立体構造を重ね合わせることにより、コンフォメーション変化をわかりやすく表示することができます。また、構造比較により、コンフォメーションが異なる部分を検出することができます。

Waalsを使用した解析事例

Waalsの機能を使って、実際にPDBファイルで表示や解析を行った例をご紹介しています。

応用の仕方は様々です。ぜひ、ご自身のタンパク質でお試し下さい。

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2つのPDBデータの向きを揃える Protein Kinase Aの例1

同じタンパク質でもPDBファイルによって初期の向きが異なっている場合は、重ね合わせにより、向きを揃えることができます。Protein Kinase A (PKA)の阻害剤が異なる2つのPDBデータをの向きを揃えてライブラリに登録する例をご紹介します。

タンパク質と阻害剤との相互作用を調べる Protein Phosphatase1の例

Compound Interfaceを使用すれば、阻害剤近傍のアミノ酸残基を抽出することができます。プロテインホスファターゼ1(PP1)と阻害剤カリキュリン(CYU)の複合体であるPDBデータを使用して、CYUから4.0[Å]以内の原子を含むPP1のアミノ酸残基を抽出します。

阻害剤との結合様式を比較する Protein Kinase Aの例2

異なる阻害剤を結合したPDBデータを使用して、阻害剤との結合様式を比較します。予め、重ね合わせにより向きを揃えた、Protein Kinase A (PKA)の阻害剤H7複合体とスタウロスポリン複合体を使って、Compound Interfaceで阻害剤との結合様式を比較する例をご紹介します。

Bファクターで原子の揺らぎを比較する α-Galactosidaseの例

Alpha-Galactosidaseのフリーの状態とガラクトースを結合している状態の構造をB-factorによる色分けで表示すると、結合物との複合体(左)の方が、フリーの状態と比べてBlueの原子が多く、原子の揺らぎが少ないことわかります。

金属原子と結合する残基を検出する Protein Phosphatase 2Cの例

1つの原子と結合するアミノ酸残基を調べるには、球ピックによる選択が便利です。Mnイオンを結合しているプロテインホスファターゼ2Cの構造から球ピックを使用して、Mnを中心に半径3.0[Å]以内の原子を含むアミノ酸残基を選択し、調べる手順をご紹介します。

よく使うアミノ酸残基を登録する  Chymotrypsinogenの例

活性中心や研究対象として着目している残基など、作図や解析に良く使うアミノ酸残基はサイトに登録すると便利です。キモトリプシノーゲンの活性中心の3つのアミノ酸残基を登録し、表示形式を変更する例を紹介致します。

分子病態解析での使用例 変異による立体構造への影響を調べる

ダイマーインタフェースを抽出する β-Hexosaminidase Bの例

PDBデータの向きを揃える Protein Kinase Aの例1

阻害剤との結合様式を比較する Protein Kinase Aの例2

コンフォメーション変化を見る EF-Tuの例

阻害剤との相互作用を調べる PP1と阻害剤Calyculinの例

Bファクターで比較する α-Galactosidaseの例

解析事例

分子病態解析での使用例 Tay-Sachs病の変異による立体構造への影響

ミスセンス変異が見つかった場合、立体構造を使ってどのようなことが調べられるでしょうか。

ここでは、Hexosaminidase Aの変異(Tay-Sachs病)による立体構造への影響をSWIS-MODELとWaalsを使用して解析した例をご紹介します。