ダウンロードしたいPDBデータのサマリーページを開きます。

ここでは、NaK channelの3E83を例に紹介します。3E83のサマリーページを開きます。

「Download Files」をクリックするとファイルの種類が表示されます。

Biological Assembly 1 (gz)、 Biological Assembly 2 (gz) を選択してそれぞれのデータをダウンロードします。

PDB File (Text)を選択するとAsymmetric UnitのPDBファイルがダウンロードされます。

ここでは、 Biological Assembly 1 をダウンロードします。

ダウンロードされたファイルは「3e83.pdb1」というファイル名になります。

3E83 (NaK Channel)のAsymmetric Unitと２種類のBiological Assembly。

元のデータはAsymmetric UnitでChain A, Bの２本が登録されている。

Biological Assembly 1はChain Aを、 Biological Assembly 2はChain Bを使用して計算されたもの。

Biological Assemblyのデータは、赤で囲った部分に表示されます。

上部の矢印（◀▶）をクリックすると、Asymmetric Unitの構造とBiological Assemblyの構造が切替えられます。 More Images...をクリックすると、全ての構造が表示されます。

Protein Data Bank (PDB)には、元のデータのAsymmetric Unitと異なるBiological Assemblyのデータが登録されている場合があります。 データによって、 生体内での単量体や多量体の状態のデータをダウンロードすることができます。

Biological Assemblyでダウンロードしたファイルの拡張子は、pdbの後にBiological Assemblyの番号が付けられ、「PDB ID.pdb1」や「PDB ID.pdb2」のようになっています。PDBファイルとして認識させるためには、拡張子をpdbに変更します。

ここでは、「3e83.pdb1」を「3e83_1.pdb」に変更して、拡張子をpdbにします。

実際の3E83のサマリーページはこちらです。

Asymmetric Unit及びBiological Assemblyについての詳細は、PDBサイトのこちらのページをご参照下さい。

実際にダウンロードしたBiological AssemblyのファイルをWaalsで表示します。元のPDBファイル (3e83.pdb)は、Asymmetric Unit（左）でしたが、Biological Assembly 1 (3e83_1.pdb)では、 3e83.pdbのchain A (light red)を基に４量体が作られています（中央）。

４量体の様子をムービーでご確認ください（右）。

3e83.pdb : Asymmetric Unit

3e83_1.pdb : Biological Assembly 1

Biological Assemblyでダウンロードしたファイルは、ファイルの内部のPDB IDがXXXXになっています。ライブラリ機能で内部のPDB IDを修正することができます。また、二次構造情報がなくなっている場合は、ライブラリ機能で二次構造のアサインを行います。

チュートリアル「二次構造をアサインする」▶

NaK Channel（４量体）の構造

様々な条件でPDBファイルを検索する

リガンドの名前でPDBファイルを検索する

SWISS-MODELの使い方

SWISS-MODEL Repositoryでモデル構造をダウンロードする

Automated Modeでホモロジーモデリングを行う