RCSB(USA) PDBのサイトのトップページを開きます。赤で囲った部分「Sequence」をクリックします。そのまま配列を入力することもできますが、「Option」をクリックすると、 アミノ酸配列を入力するフォームが表示されます。

アミノ酸配列の類似性で、Protein Data Bank (PDB)からPDBファイルを検索することができます。

1. (1)Sequenceの欄に、アミノ酸配列を入力します。ここでは、KAD2_HUMAN Adenylate kinase 2, mitochondrialのアミノ酸配列を入力しています。
   

2. (2)Search ToolでBLASTかFASTA, PSI-BLASTを選択します。
   

3. (3)Result Countをクリックすると、この条件での検索結果の件数が表示されます。この場合は、101件の検索結果があることがわかります。
   

4. (4)必要に応じてその他のパラメータの設定をします。
   

5. (5)Submit Queryをクリックして検索します。
   

参考　Advanced Searchのページを開き、「Choose a Query Type:」から、「Sequence (BLAST / FASTA / PSI-BLAST)」を選択しても、アミノ酸配列を入力する画面を開くことができます。Advanced Searchでは、様々な条件で検索ができます。

入力したアミノ酸配列と検索された構造のアミノ酸配列とのアライメントの一覧が表示されます。

検索結果の一覧が表示されます。デフォルトでは、E Valueの順に並んでいます。ここでは、101件のデータが検索されました。

検索結果一覧からのダウンロードは、 こちらをご参照ください。

検索結果の一覧から、PDB IDの下に表示されているボタンをクリックしてPDBファイルをダウンロードしたり、立体構造を表示したりすることができます。

PDB IDや項目をクリックすると、そのデータのPDBサマリーページが開かれ、詳細を確認することができます。

アライメントの結果を見るには、

「Reports:」をクリックして、

「Blast / Fasta / PSI-Blast Results」を選択します。

参考　Structure Idの欄にPDB IDを入力して、PDBデータと類似な配列を持つPDBファイルを探すこともできます。

様々な条件でPDBファイルを検索する

リガンドの名前でPDBファイルを検索する

SWISS-MODELの使い方

SWISS-MODEL Repositoryでモデル構造をダウンロードする

Automated Modeでホモロジーモデリングを行う