1. PDBファイルを開く

  1. (1)1EX3を開きます。基本表示は、CartoonsStyleRibbonsColorColor Gradientにしています(図1)。

よく使うアミノ酸残基を登録する Chymotrypsinogenの例

2. 活性中心のアミノ酸残基を登録する

  1. (1)ツールバーからSite Panelアイコンをクリックし、Site Panelを開きます。

  2. (2)Site ID下の新規(+)ボタンをクリックすると、新しいSite IDが追加されます。Site IDに英数3文字でサイトIDを入力します。ここでは、「CAT」と入力します。

  3. (3)Contents Info Viewのアミノ酸配列で、活性中心のHis 57, Asp 102, Ser 195を選択します。

  4. (4)選択した状態でアミノ酸残基の新規(+)ボタンをクリックします。

活性中心や結合部位の残基等、研究対象として着目している残基など、作図や解析に良く使うアミノ酸残基はサイトに登録すると便利です。登録するとSite Panelから一括して表示形式を変更したり、選択することができます。

ここでは、キモトリプシノーゲン(1EX3)で、触媒トライアードの3つのアミノ酸残基であるHis 57, Asp 102, Ser 195を登録し、表示形式を変更する例を紹介致します。

3. サイトに登録されたアミノ酸残基の表示形式を変更する

  1. (1)Site IDで、CATを選択します。

  2. (2)Residuesの項目でStyleColorTypeを指定すると、サイトに登録された残基の表示形式を一括して変更することができます(図2−5)。

Waals 2013 ユーザーズガイド「第14章 サイト機能を使う」をご参照ください。

4. サイトに登録されたアミノ酸残基を選択する

  1. (1)Site IDで、CATを選びます。

  2. (2)Site ID 右に表示される残基名をクリックすると構造上で選択されます。

  3. (3)Workspaceに取り出すと選択された3つの残基だけを表示することができます(図6)。

図1

図2

図3

図5

図4

図6

          Altif        >         Waals    >  解析事例   >   よく使うアミノ酸残基を登録する Chymotrypsinogenの活性中心をサイトに登録する

解析事例

分子病態解析での使用例 変異による立体構造への影響を調べる

ダイマーインタフェースを抽出する β-Hexosaminidase Bの例

PDBデータの向きを揃える Protein Kinase Aの例1

阻害剤との結合様式を比較する Protein Kinase Aの例2

コンフォメーション変化を見る EF-Tuの例

阻害剤との相互作用を調べる PP1と阻害剤Calyculinの例

Bファクターで比較する α-Galactosidaseの例