解析事例 > B-factorで原子の揺らぎを比較する
結合物との複合体(左)の方が、フリーの状態(右)と比べてBlueの原子が多く、原子の揺らぎが少ないことわかります。
B-factorで原子の揺らぎを比較する α-Galactosidaseの例
温度因子B-Factorによる色分け表示で、複数のPDBデータを比較することができます。ColorをB-Factorに設定すると、PDBに記載されているB-Factorの値を色分けして表示します。同一Pageに読み込まれた複数の構造は、同一のスケールで色分けされますので、結合物の有無等の状態の違いによるB-factorの相違を比較することができます。
ここでは、Alpha-Galactosidaseのフリーの状態とガラクトースを結合している状態の構造をB-factorによる色分けで表示する例をご紹介します。
3. B-factorで色分け表示する
Style & Color Panelで、Residues ColorからB-factorを選択します。
デフォルトの表示では、全ての原子のB-Factorの値の最高値と最低値を均等に6分割して色分け表示されます。
2. Residuesの表示にする
Style & Color Panelで、ResiduesのStyleをBall & StickにTypeをAll Atomsに設定します。
Waals 2013 ユーザーズガイドでは、第10章内の「 B-factorで色分け表示する」をご参照下さい。
1. 1つのPageに2つのPDBファイルを読み込む
Alpha-Galactosidaseのガラクトースを結合している状態(1R47)(左)とフリーの状態(1R46)(右)のPDBファイルを1つのPageに読み込みます。
ここでは、糖鎖などのガラクトース以外のCompoundをDeleteしています。また、二量体のうちの一本のChainだけを表示しています。ガラクトースは、Space-filingで示しています。
4. 色分けのスケールを設定する
カットオフ値の設定により色分けの範囲を設定します。
ここでは、色分けの設定を
Red ≥ 130.0,
130.0 > Orange ≥ 110.0,
110.0 > Yellow ≥ 90.0,
90.0 > Green ≥ 70.0,
70.0 > Cyan ≥ 50.0,
Blue < 50.0
にしています。
解析事例
分子病態解析での使用例 変異による立体構造への影響を調べる
ダイマーインタフェースを抽出する β-Hexosaminidase Bの例
PDBデータの向きを揃える Protein Kinase Aの例1
阻害剤との結合様式を比較する Protein Kinase Aの例2
コンフォメーション変化を見る EF-Tuの例
阻害剤との相互作用を調べる PP1と阻害剤Calyculinの例
Bファクターで比較する α-Galactosidaseの例
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