チェインの配置をわかりやすく表示する Calcineurin A, B, FKBP12複合体の例

複数のサブユニットやタンパク質が会合している複合体では、複合体の図とは別に各チェインを表示して配置した図があると説明の時に便利です。Workspaceを使えば、複合体と各チェインを同じ向きで、それぞれの図を作成できます。

大きさを揃えてCopy & Pasteするだけで、左図のような作図が簡単にできます。背景を透明にすれば、思った位置に配置できます。

2. 各々のチェインを選択し、Workspaceに取り出す

  1. (1)Contents Info ViewからChainを選択します。各Chainの項目をダブルクリックするとそのChain全体が選択されます。

  2. (2)Chain A全体を選択し、Workspace Aに指定します。

  3. (3)同様に、Chain BWorkspace Bに、Chain CWorkspace Cに指定します。

  4. (4)チェインに結合している結合物も各々のWorkspaceに追加します。

1. PDBファイルを開く

  1. (1)1TCO を開きます。

  2. (2)Style & Color Panelで、基本表示を設定します。ここでは、ResiduesStyleSpace-filingに、ColorChainTypeAll Atomsにします。CompoundsStyleSpace-fillingにします。

3. Workspaceに切替えて大きさを揃える

  1. (1)Workspace A, B, Cの画面を切替えると、それぞれのChainの構造だけが表示されます。

  2. (2)拡大・縮小ツールあるいはScale機能を使用して、Main-spaceWorkspace A, B, Cの全ての構造のスケールを同一にします。

4. 背景を透明にしてCopy & Pasteする

背景を透明に設定した状態で、それぞれをCopy & Pasteします。好きな位置に配置して下さい。

Workspace A : Chain Aとその結合物

Workspace B : Chain Bとその結合物

Workspace C : Chain Cとその結合物

Main-space: Chain A, B, Cの複合体

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Calcineurin B

Calcineurin A

FKBP12

Calcineurin B

Calcineurin A

FKBP12

Calcineurin A (Chain A), Calcineurin B (Chain B) , FKBP12 (Chain C) の複合体(右)とそれぞれのChain(右)

解析事例

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