Waals概要 解析機能

タンパク質立体構造の重ね合わせと比較、 距離による抽出

   Waals   

 

Waalsで立体構造をもっと詳しく。

Protein Data Bankで公開されている立体構造のデータは既に9万件を超えています。

阻害剤やリガンドとの結合様式を調べたり、分子構造を重ね合わせて比較したり、

タンパク質分子に対する立体構造からのアプローチがますます重要に。

Waalsで、膨大な立体構造の中から研究のヒントや新しいアイデアを発見して下さい

思い通りに重ね合わせる

タンパク質立体構造の重ね合わせも、Waalsなら簡単です。

自動的に重ね合わせるならAuto Fit機能、重ね合わせたい残基が決まっている時には、Superimpose機能で。似ているところをできるだけぴったりと、あるいは全体をおおまかに。Waalsなら、思い通りに分子を重ね合わせることができます。

結合様式を比較する

重ね合わせで構造の向きを揃えてから、Compound Interfaceで結合物近傍のアミノ酸残基を抽出すれば、複数の複合体の結合様式を調べるの便利です。ワークスペースで抽出された構造だけをじっくり観察。画面を分割して、立体構造を併置して一緒に動かしながら、阻害剤との結合の様子を比較することができます。

相互作用を調べる

阻害剤やリガンド等の結合物、DNA、他のタンパク質分子との複合体データで、相互作用している部分を網羅的に調べたい時、Waalsなら、結合物やタンパク質間で近傍に存在する残基を一括して検出できます。検出された構造だけを取り出して、原子間の距離やそれぞれの位置関係を詳しく調べることができます。原子間の距離を表形式で出力できる他、距離による色分け表示で視覚的に確認することもできます。

立体構造を比較する

重ね合わせとともに、2つの立体構造がどのくらい重なり合うのかを評価することができます。重なり合う残基数やRMSDを算出し、立体構造の類似性を数値で比較することができます。

Auto Fit機能

タンパク質の立体構造を自動的に重ね合わせます。最も重なり合う重ね方を見つけるので、重ね合わせる残基を指定する必要がありません。2つのPDBファイルを読読み込んでAuto Fitを実行するだけ。気軽に重ね合わせを試す事ができます。

Superimpose機能

指定したアミノ酸残基に基づいて全体の立体構造を重ね合わせます。機能部位や活性中心など、着目した残基に基づいて重ね合わせることができます。部分構造を比較する際にも便利です。阻害剤などの分子構造を原子単位で重ね合わせることも可能です。

Structure Comparison機能

立体構造を重ね合わせた後、重なり合う残基を検出することで、2つの立体構造から類似な立体構造(共通構造)を自動的に抽出します。立体構造上で共通な構造と異なる構造を見分けるのに便利です。

共通構造の抽出結果を動画で見る 

Comparison Window

Comparison Windowには、抽出された残基と残基間の距離が表示されます。指定した距離内で重なり合う残基数やRMSDを算出し、立体構造の類似性を数値で評価することができます。

Compound Interface機能

阻害剤やリガンドなどの結合物から指定した距離範囲に存在するアミノ酸残基を検出します。

Chain Interface機能

2つのChainの構造から指定した距離範囲にある残基を検出します。 サブユニット間の相互作用や、蛋白質とDNAとの相互作用に関するアミノ酸残基を検出する際に便利です。

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Auto Fitの操作方法を動画(ビデオ)で紹介しています。

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