特長 > タンパク質と結合物との距離関係を調べる

Compound Interfaceを使って、阻害剤などの結合物から指定した距離範囲にある原子を含むアミノ酸残基を抽出できます。結合物の近傍に存在するアミノ酸残基を一括して抽出できるので、結合に関与する残基の候補を見つけるのに便利です。抽出された構造はWorkspaceに取り出されます。結合物近傍の構造だけを表示して、結合物とアミノ酸残基の様子をじっくり調べることができます。抽出された原子間の距離は表形式で出力されます。

阻害剤と相互作用するアミノ酸残基を検出する

Compound Interfaceを使用すれば、阻害剤の近傍に存在するアミノ酸残基を一括して抽出することができます。以下は、Human Neuraminidse (2f0z)を使用して、阻害剤から4.0Å以内の原子を含むアミノ酸残基を抽出した例です。抽出されたアミノ酸残基は、Workspaceに格納されますので、阻害剤と近傍の残基だけを取り出した状態で詳細を確認することができます。抽出と同時に距離による色分け表示に切り替わりますので、アミノ酸配列や立体構造上で阻害剤に近いアミノ酸残基がどの辺りに存在するのかを確認できます。

インタフェースブラウザとWorkspaceでより詳しく

インタフェースブラウザには結合物の原子とアミノ酸残基の原子の距離の一覧が表示されます。距離による並べ替えや、表からアミノ酸残基を選択することもできます。Workspaceとインタフェースブラウザを見ながら、さらに着目する部分を絞り込んで、調べることができます。

インタフェースブラウザに表示されている表はタブ区切りのテキストで保存できますので、抽出した残基や距離の結果を表計算ソフトに読み込んでそのまま使えます。

全体構造を結合物からの距離に応じた色分けで表示

アミノ酸配列も距離による色分け表示で見る事ができます。

抽出されたアミノ酸残基はWorkspaceに格納されます。

阻害剤周辺のアミノ酸残基が抽出されているのがわかります。