立体構造を重ね合わせる 

トリオースリン酸イソメラーゼ (6TIM)のChain A (Magenta)に基づいて、Chain B (light blue)をAuto Fitで重ね合わせた例。

Ras protein (5P21) (Magenta) に基づいてG protein alpha (1TAD : A) (light blue)をAuto-Fitで重ねた例。

アミノ酸残基を指定して重ね合わせる Superimpose機能

指定したアミノ酸残基に基づいて、全体を重ね合わせます。 アミノ酸残基の指定はContents Info Viewのアミノ酸配列から指定できます。3残基以上で残基数が同じであれば、連続していなくても構いません。活性中心やモチーフ、立体構造的に保存されている部分等、着目する部分を自由に指定することができます。指定した部分構造のRMSDが算出されるので、部分構造を比較する際にも便利です。

Waalsの特長

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Auto-Fitで自動的に重ね合わせる

2つのタンパク質の立体構造を自動で重ね合わせます。立体構造的によく重なり合う重ね方を自動的に検出するため、重ね合わせる部位を指定する必要がありません。 どこで重ねたらよいのかわからなくてもOKAuto-Fit機能が、条件にあった最も重なり合う重ね合わせを見つけます。重なる部分が全体の一部でも、アミノ酸配列の類似性が低くても、構造の類似性に基づいて重ね合せることができます。

Auto-Fit

Auto-Fit

Superimpose

重ね合わせに指定した部分構造

Adenylate kinase (2AK3) (Light Red)とGuanylate kinase (1GKY)(Light Blue)をリン酸結合部位(下)に基づいてSuperimposeで重ね合わせた例

蛋白質のためのインタフェース

Waalsの特長

見る・調べる

作図する

分子間の距離関係を調べる

重ね合わせと比較

もっと便利に

保存する

動画を作成する

Structure Comparison機能では、重ね合わせと同時に2つの構造で重なり合う類似な構造を抽出します。類似な部分と異なる部分を同定することで、より詳しく立体構造を比較することができます。

複数のPDBファイルを使う場合は、画面を分割し、併置して表示できます。

今すぐ試したくなるほど簡単 操作方法を動画で

操作は、2つのPDBデータを読み込んで、Auto-Fitを実行するだけです。

重ね合わせを使用してコンフォメーション変化を見る事例を紹介しています。