チュートリアル

Workspaceに取り出す

Waalsでは、見たい部分を入れるための別の空間としてWorkspace(ワークスペース)が3つ用意されています。この空間に構造を選択して入れることにより、全体構造の中から部分的に取り出して表示することができます。 Workspaceに入っている構造の重心が回転中心になりますので、すぐに回転させながら細部を確認できます。構造を追加したり、取り除くこともで自由ですので、見たい部分だけを取り出すことができます。 Main-spaceと3つのWorkspaceは切替えて表示します。

指定するための選択は、アミノ酸配列からでも立体構造からでもできます。ドメインやモチーフなどの選択はContents Info Viewのアミノ酸配列からの選択が便利です(上)。Structure Viewからマウスで構造上の見たいところを選択することも可能です(下)。

立体構造から選択

選択した構造をWorkspaceに指定するには

  1. 1.指定したい構造(アミノ酸残基やコンパウンド)をContents Info ViewやStructure Viewから選択します。

  2. 2.メニューのWorkspace > Add into Workspace A, B, Cのいずれかを実行します。

  3. 3.選択した構造が指定したWorkspaceに入ります。

Calmodulin (3CLN)(左)のEFハンド構造内のカルシウム結合部位20-31残基を

Workspaceに取り出した例(右)。

Workspace

Workspace

Workspaceに切替えて見るには

  1. 1.Structure View下のスペース切替えボタンでWorkspaceの表示に切り替えます。

  2. 2.それぞれのWorkspaceに指定した構造だけが表示されます。

Workspaceから構造を取り除くには

  1. 1.取り除きたい構造をContents Info ViewStructure Viewから選択します。

  2. 2.メニューのWorkspace > Remove from Workspace A, B, Cのいずれかを実行します。

  3. 3.選択した部分の構造が指定したWorkspaceから取り除かれます。

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アミノ酸配列から選択