PDBファイルには、著者やPDBにより、SITEとよばれるレコードが定義されている場合があります。慣用的には、活性中心や基質結合部位を形成しているアミノ酸残基やコンパウンドをサイトとして定義されており、例えば、活性中心の場合はAC1やAC2、結合部位の場合はBD1やBD2と定義されています。

Site PanelからSITEに登録されている残基や結合物を選択したり、表示形式を設定することができるので、PDBファイルに記載されているSITEの情報をすぐに使うことができます。

SITEに登録されているアミノ酸残基をStick, Light Blueで表示した例。左から、 1ZAA (Zif268)のAC1、1HHO (oxyhaemoglobin) のAC2、 2QR1(AMP-activated protein kinase) のAC1をStickで表示。

SITEの情報を表示するには

1. 1.ツールバーからSite Panelアイコンをクリックする、または、メニューのTools > Show Panel > Site Panelを選択します。
   

2. 2.Site Panelが表示されます。
   

3. 3. PDBデータにSITEが定義されている場合は、Site IDに定義されているSITEの名前が表示されます。
   

4. 4.表示形式を変更したいSite IDを選択します。
   

5. 5.Cartoons, Resides, Compounds, Waterの各項目でStyleやColorを指定します。
   

6. 6.サイトに登録されているアミノ酸残基／コンパウンドの表示形式が変更されます。

Site Panel

1. 二原子間の距離を測定する
   

2. 大きさを揃える
   

3. 数値を指定して向きを変更する
   

4. Bファクターで色分け表示にする
   

5. 表示の初期設定を変更する
   

6. 背景色と初期設定の変更
   

7. 背景色を透明にする

1. PDBファイルのサイト情報を表示する
   

2. 削除してPDBファイルに保存する
   

3. オートローテーションで見る
   

4. 新しいページに読み込む
   

5. 作成した図を複製して図を作る
   

6. 作図の基本の流れ
   

7. 二次構造をアサインする

　Site Panelで表示形式を変更すると、「指定表示」を設定した時と同じ扱いになります。

　良く使うアミノ酸残基はサイトに登録して、Site Panelで表示形式を変更すると便利です。