Waalsは、Protein Data Bank (PDB)フォーマットのファイルを使用して立体構造を表示します。１つの書類の中で複数のPDBファイルを開いたり、複数の構造を同一画面に表示することもできます。

複数のPDBファイルを同一画面に読み込む

PDBファイルが開かれている状態で、同じ画面にさらに別のPDBファイルを挿入し、複数のPDBファイルを表示することが可能です。

1. 1.メニューのFile > Insert...を選択します。
   

2. 2.ダイアログから挿入したいPDBファイルを選択します。
   

分割表示にすると、それぞれの構造の重心を回転中心として、一緒に回転させることができます。

G proteinのPDBファイル４種を同一書類に読み込んだ例。Page1〜4にそれぞれ表示されます。

一度に複数のPDBファイルを開く

１つの書類の中で複数のPDBファイルを開くことができます。解析に必要な一連のファイルを一度にライブラリに登録する事ができます。一つのPDBファイルが一つのPageで開かれます。

1. 1.メニューのFile > Open...を選択します。
   

2. 2.連続した複数のファイルを選択するには、ダイアログからシフトキーを押したままファイルを選択します。⌘キーを押して、クリックすると選択／解除をしながら複数のファイルを選択できます。

PDBファイルを開くには

1. 1.メニューのFile > Open...を選択し、ダイアログでPDBファイルを選び、Openをクリックします。または、PDBファイルをDockあるいはFinderのWaalsアプリケーションアイコンにドラッグします。
   

2. 2.Structure Viewに立体構造が表示されます。Contents Info ViewにはPDB IDやチェインのアミノ酸配列などのPDBファイルの内容が表示されます。
   

既にPDBファイルが開かれている場合は、同じウインドウの新しいPageで開かれます。

1. 二原子間の距離を測定する
   

2. 大きさを揃える
   

3. 数値を指定して向きを変更する
   

4. Bファクターで色分け表示にする
   

5. 表示の初期設定を変更する
   

6. 背景色と初期設定の変更
   

7. 背景色を透明にする

1. PDBファイルのサイト情報を表示する
   

2. 削除してPDBファイルに保存する
   

3. オートローテーションで見る
   

4. 新しいページに読み込む
   

5. 作成した図を複製して図を作る
   

6. 作図の基本の流れ
   

7. 二次構造をアサインする